问题标签 [qhull]

我有数千个点集，我将它们提供给Scipy 的 Delaunay函数以获得一组相应的三角剖分。

如果我的输入点无效，例如。一条线上的所有点或由于某些其他原因，Delaunay 三角剖分失败，它会在控制台中生成一个非常详细的报告，如下面的报告：

QH6154 qhull 精度错误：初始面 1 与内部点共面
ERRONEOUS FACET：
- f1
- 标志：底部简单的 UpperDelaunay 翻转
- 正常：-0.3162 -0.9487 0
- 偏移：5929262
- 顶点：p4（v2）p3（v1）p0 (v0)
- 相邻面：f2 f3 f4

执行时：| qhull d Qbb Qt Qc Qz
为 Qhull 2012.1 2012/02/18 选择的选项：
run-id 231396746 delaunay Qbbound-last Qtriangulate Qcoplanar-keep
Qz-infinity-point _pre-merge _zero-centrum Qinterior-keep Pgood _max
-width 33 Error- roundoff 5.8e-009 _one-merge 4e-008
Visible-distance 1.2e-008 U-coplanar-distance 1.2e-008
Width-outside 2.3e-008 _wide-facet 6.9e-008 qhull

的输入似乎小于3 维，或
计算已溢出。

Qhull 无法从点构造一个清晰的凸单纯形：
- p1(v3): 4.9e+005 6.1e+006 0.00016
- p4(v2): 4.9e+005 6.1e+006 33
- p3(v1): 4.9e+ 005 6.1e+006 0
- p0(v0): 4.9e+005 6.1e+006 0.0009

中心点与刻面共面，或顶点
与相邻刻面共面。最大舍入误差为
计算距离为 5.8e-009。中心点、刻面和
到中心点的距离如下：

中心点 4.9e+005 6.087e+006 8.25

刻面 p4 p3 p0 距离= 0
刻面 p1 p3 p0 距离= 0
刻面 p1 p4 p0 距离= 0
刻面 p1 p4 p3 distance= 0

这些点要么具有最大或最小 x 坐标，要么
他们最大化 k 坐标的行列式。
首先从使坐标最大化的点中选择 试验点 。

每个维度的最小和最大坐标是：
0: 4.9e+005 4.9e+005 差异= 33
1: 6.087e+006 6.087e+006 差异= 11
2: 0 33 差异= 33

如果输入应该是全维的，您有几个选项
可以确定初始单纯形：
- 使用 'QJ' 微调输入并使其全维
- 使用'QbB' 将点缩放到单位立方体
- 使用'QR0' 随机旋转输入以获得不同的最大点
- 使用'Qs' 搜索所有点对于初始单纯形
- 使用“En”指定小于 5.8e-009 的最大舍入误差。
- 使用“T3”跟踪执行以查看每个点的行列式。

如果输入是低维的：
- 使用“QJ”来调整输入并使其全维
- 使用 'Qbk:0Bk:0' 从输入中删除坐标 k。您应该
选择范围最小的坐标。船体将具有
正确的拓扑结构。
- 确定包含点的平面，将点旋转
到坐标平面中，并删除其他坐标。
- 添加一个或多个点以使输入全维度。

根据文档，没有立即选项可以设置Delaunay(...)呼叫以禁止此报告。在相当长的qhull选项列表中，我也没有找到一个选项。

我已经尝试过这里提供的解决方案，但它似乎绕过了它。

有什么办法可以抑制这种情况吗？

我正在尝试使用 scipy.spatial.Delaunay 函数复制由 Python 中的 Matlab delaunayn 函数执行的 N 维 Delaunay 三角剖分。然而，虽然 Matlab 函数给了我想要和期望的结果，但 scipy 给了我一些不同的东西。考虑到两者都是 QHull 库的包装器，我觉得这很奇怪。我假设 Matlab 在其调用中隐式设置了不同的参数。我试图在他们两者之间复制的情况可以在Matlab 的文档中找到。

设置是有一个立方体，中心有一个点，如下所示。我提供的蓝线有助于可视化形状，但它们对这个问题没有任何目的或意义。

我期望的三角剖分产生 12 个单纯形（在 Matlab 示例中列出），如下所示。

然而，这个 python 等价物会产生“额外的”单纯形。

返回的变量simp应该是一个 M x N 数组，其中 M 是找到的单纯形数（在我的情况下应该是 12），N 是单纯形中的点数。在这种情况下，每个单纯形应该是一个四面体，即 N 为 4。

但我发现 M 实际上是 18 并且额外的 6 个单纯形不是四面体，而是立方体的 6 个面。

这里发生了什么？如何将返回的单纯形限制为仅是四面体？我用这个简单的案例来演示这个问题，所以我想要一个不是针对这个问题量身定制的解决方案。

编辑

感谢 Amro 的回答，我能够弄清楚这一点，并且我可以在 Matlab 和 Scipy 之间得到一个简单的匹配。有两个因素在起作用。首先，正如所指出的，Matlab 和 Scipy 使用不同的 QHull 选项。其次，QHull 返回体积为零的单纯形。Matlab 删除了这些，Scipy 没有。这在上面的示例中很明显，因为所有 6 个额外的单纯形都是立方体的零体积共面面。可以使用以下代码在 N 维中删除这些。

我想应该解决其他条件，但我保证我的点已经不包含重复项，并且方向条件似乎对我可以辨别的输出没有影响。

我想从以图像形式存储的一堆表中提取数据-

导入 tesseract 时会提示安装 Qhull（根据文档http://pytesseract.readthedocs.io/en/latest/tutorials.html）

代码 -

我得到以下提示，但我无法正确输入目录 -

我尝试在引号中给出目录，也通过变量，但它一直给我无效目录错误

这应该很简单，但我就是不明白。

提前致谢。

我尝试根据此处给出的说明在 Linux 和 Mac 上的 Processing 2.2.1 和 3.2.1 中从 jar 文件（例如quickhull3d ）导入

我的目录结构看起来像这样

../Processing/Sketchbook/libraries/quickhull3d/library/quickhull3d.jar

Processing IDE 首选项将速写本位置设置为 ../Processing/Sketchbook

在我的 .pde 文件中，我有开头行

我得到了错误：

没有找到 quickhull3d 库的库必须安装在“sketchbook”文件夹内名为“libraries”的文件夹中。

注意：我已经看到这个问题在这里和处理论坛上被反复问过，并且尽我所能告诉我，我正在按照书面说明进行操作。在尝试运行草图之前我已经重新启动了 IDE，并且我还尝试将 quickhull3d.jar 复制到 /mysketch/code，如果您要将文件拖放到它上面，这是手动执行 IDE 会执行的操作。

跟进：经过进一步调查，问题似乎是 .jar 文件本身没有指向 xyz.class 文件的正确位置，所以我相信这可能是罪魁祸首。此外，我发现ComputationalGeometry贡献的 Processing 库包含 QuickHull3d，无需我手动安装它。将来，我会确保 .jar 中的路径是正确的。

我轻松地镶嵌了两个参数化 3D 表面（都是凸面）。

这些是两个镶嵌参数曲面：

现在，我的意图是将两者合并为一个实体。但我得到了这个：

在此处输入图像描述

我正在使用 Qhull 创建 Delaunay 三角剖分，它似乎适用于第一个凸面，但不适用于背面。:(

这是我当前的代码（部分取自 ZivS ）

另外，我greedy_projection从 OpenCV 使用过，但没有任何成功。它只能在不连接它们的情况下执行两个曲面细分。

知道为什么会这样吗？

我正在尝试创建相对稀疏的 EEG 数据（27 个电极）的俯视图热图。我将 EEG 电极的 x,y 笛卡尔坐标转换为极坐标，并尝试将它们映射为这样。每个 x,y 坐标对应一个给定值（如果您想知道：Hurst 指数），我希望该位置周围的颜色与之对应。

我从该页面的工作代码开始，并尝试使其适应我的问题。不幸的是，我的适应不起作用。

这是我的代码：

我收到一个错误：

粗体部分是我想要理解的。当我添加更多点时（即，当我向成为极坐标的列表 X 和 Y 添加更多点时），错误声称需要的点数不断增加，总是比我输入的点数提前两步。

有谁知道如何处理这个问题？

我在这里使用包“rgl”遵循了关于 3D 可视化的教程

所以我能够用“iris”数据绘制一个 3D 散点图，并在 95% 的数据点周围创建一个椭圆体：

我知道与数据集的其余部分相比，前 50 个数据点属于不同的群体，因此以不同的方式对它们进行着色，并使用两个椭圆体来覆盖它们：

尽管可以清楚地区分两个种群，但椭球体彼此接触。因此，椭球体不是数据点的良好视觉表示。在 2D 绘图中，我更喜欢使用多项式环绕所有数据点，但在 3D 中，类似凸包的东西就足够了，即由三角形区域组成的多面体，每个区域结合三个外部数据点。

我认为使用“几何”包中的 QuickHull 算法的函数 convhulln() 会有所帮助，但我无法使用它。

有人知道如何在 rgl 图中描绘这样的凸包吗？是否也可以使用 plot3D 包来做到这一点，因为这里有一个很棒的教程，我可以用它来用我自己的数据制作一个漂亮的图。

我是“唯一”使用 R 进行科学的生物学家，而不是数学家或 R 程序员，所以请为我解释您的解决方案。非常感谢。

函数scipy.interpolate.griddata允许指定关键字fill_value，文档声明：

用于填充输入点凸包之外的请求点的值。如果未提供，则默认为 nan。 此选项对“最近”方法无效。

但是，在使用2D 数据时，我需要指定fill_value在边界之外使用。method='nearest'如何做到这一点？

我在让 QHull C++ 接口在 catkin 项目中工作时遇到了一些麻烦。我的项目编译良好，并且我指定了链接器要使用的库，但是它无法链接到以下错误消息。

我已经安装了以下软件包，以获取共享对象和开发文件。

• libqhull-dev
• libqhull-doc
• libqhull7
• 库尔斌

我不知道这是否与问题有关，但查看 libqhull.so 共享对象中没有符号。

有没有人有任何经验让它在 linux 上工作？任何帮助，将不胜感激。

从一组点，我得到凸包scipy.spatial，Delaunay或者ConvexHull（来自 qhull 库）。现在我想将这个凸包外的一个点投影到外壳上（即，外壳上的点与外面的点距离最小）。

这是我到目前为止的代码：

有了图片可能会更容易，我想从凸包外的蓝点获得绿色的 x 和 y 坐标。这个例子是二维的，但我也需要在更高的维度上应用它。谢谢您的帮助。

编辑：问题在这里得到解决，但我无法实现它：https ://mathoverflow.net/questions/118088/projection-of-a-point-to-a-convex-hull-in-d-dimensions