问题标签 [pystan]

当我运行任何 pystan 代码时，输​​出是我所期望的，但我得到了一堵警告墙。

我已经尝试更新 pystan 和 cython，因为这些都在警告墙上提到。我的 pystan 现在是 2.17.1 版本和 cython 0.29.2。我正在运行python3.7。

我收到的错误消息以：

这有什么好担心的吗？如果没有，我如何专门禁用这些警告，而不是从我的代码的其他部分禁用？如果是这样，我应该改变什么。

编辑：在使用 MemoryView 阅读有关 NPY_NO_DEPRECATED_API 的 Cython Numpy 警告问题后，我仍然不知道如何安全地禁用此警告。

我无法安装 fbprophet 或 gcc7。

我已经手动安装了一个预编译的 ehem。

我尝试过使用 python 3.6 和 3.7。我试过以管理员身份运行而没有。

我的 anaconda 提示无法安装任何东西而不会引发错误。我宁愿使用点子。

该问题可能与pystan有关。

我正在使用 Windows 10。

我试图在虚拟环境中安装 pystan 和 facebook-prophet。但它需要 mingw-64 和 libpython 才能运行它。所有说明都使用 conda。有没有办法在虚拟环境中安装 mingw-64 和 libpython 而不使用 conda 而只是 pip？

我从网站上下载了 mingw-64。但我不想将它直接安装到我的系统中，我想将它安装在虚拟环境中。但找不到任何说明如何做到这一点。

ImportError: DLL load failed: The specified module could not be found.尝试导入 pystan 时获取。

从多个资源安装和卸载 pystan 后，我可以轻松完成pip install，但无法在 Jupyter notebook 中导入它。

抱歉，如果这不是问的正确地方，但这似乎是一个一般的安装问题，而不是一个 pystan 问题......

我正在尝试运行一些简单的 pystan 示例，这是一个 Python 贝叶斯推理包，但它始终崩溃。因此，例如，当我在https://pystan.readthedocs.io/en/latest/getting_started.html运行“入门，示例 1”示例时（除了我在给出错误的行中添加了“verbose=True”） , 在线

我得到一个很长的错误跟踪，开头是：

我在 Mac OS X 10.12.5 上使用 miniconda。无论我运行 python2 还是 python3，我都会收到相同的错误。（上面的trace是python2；Python3是python 3.6.8，7月25日安装）。

关键错误似乎是它希望找到文件 /usr/local/opt/mpfr/lib/libmpfr.4.dylib 。当我查看该目录时，我看到一个文件 libmpfr.6.dylib 和 libmpfr.dylib ，它是 libmpfr.dylib 的符号链接，但没有 libmpfr.4.dylib

我想知道假设的库路径是否发生了一些可怕的事情，比如假设 /usr/bin/python 而不是 ~/miniconda2/bin/python 使用的库（这是我用于 python 的，因为 ~/miniconda2/ bin 位于我的 bash shell PATH 的前面）。

那么...我是否需要安装较旧的（rev 4）版本的 libmpfr ？如果是这样，怎么做？

更新：看到回复（如下）后，我更新了 gcc（到 9.2）和 conda。但现在它在其他地方崩溃了......

我要安装 Fbprophet (python)

我遵循了所有安装说明（anaconda）。

如果我尝试在我的 anaconda 提示符中运行 Fbprophet，它可以正常工作。

但是，当我在 Visual Studio 2017 中创建项目时，我收到以下错误消息：

Traceback（最近一次调用最后）：文件“C:\Users\dommarch\source\repos\FbProphet\FbProphet\FbProphet.py”，第 1 行，导入 fbprophet 文件“C:\Users\dommarch\AppData\Local\Continuum \anaconda2\envs\python36\lib\site-packages\fbprophet__init__.py"，第 8 行，从 fbprophet.forecaster 导入 Prophet 文件 "C:\Users\dommarch\AppData\Local\Continuum\anaconda2\envs\python36\lib \site-packages\fbprophet\forecaster.py"，第 17 行，在 import pystan # noqa F401 File "C:\Users\dommarch\AppData\Roaming\Python\Python36\site-packages\pystan__init__.py"，第 9 行，在 from pystan.api import stanc, stan File "C:\Users\dommarch\AppData\Roaming\Python\Python36\site-packages\pystan\api.py"，第 13 行，在 import pystan._api # stanc wrapper ImportError: DLL 加载失败：%1 不是有效的 Win32 应用程序。

如果有人有想法，那就太棒了。

谢谢

在 Python 中运行简单的 PyStan 模型时出现 CompileError：

警告：pystan：不支持 MSVC 编译器

回溯（最后一次调用）：文件“C:\Python36\lib\distutils_msvccompiler.py”，第 423 行，编译 self.spawn(args) 文件“C:\Python36\lib\distutils_msvccompiler.py”，第 542 行，在 spawn 返回 super().spawn(cmd) 文件“C:\Python36\lib\distutils\ccompiler.py”，第 909 行，在 spawn spawn(cmd,dry_run=self.dry_run) 文件“C:\Python36\lib \distutils\spawn.py”，第 38 行，在 spawn _spawn_nt(cmd, search_path, dry_run=dry_run) 文件“C:\Python36\lib\distutils\spawn.py”，第 81 行，在 _spawn_nt 中“命令 %r 失败退出状态 %d" % (cmd, rc)) distutils.errors.DistutilsExecError: command 'C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\VC\BIN\x86_amd64\cl.exe' failed with exit status 1 在处理上述异常，发生另一个异常： Traceback（最近一次调用）：文件“C:\panormus\venv2\lib\site-packages\IPython\core\interactiveshell.py”，第 3296 行，在 run_code exec(code_obj, self.user_global_ns, self .user_ns) 文件“”，第 1 行，在 sm = pystan.StanModel(model_code=model) 文件“C:\panormus\venv2\lib\site-packages\pystan\model.py”，第 349 行，在 init build_extension.run() 文件“C:\Python36\lib\distutils\command\build_ext.py”，第 339 行，运行中 self.build_extensions() 文件“C:\Python36\lib\distutils\command\build_ext.py "，第 448 行，在 build_extensions self._build_extensions_serial() 文件中 "C:\Python36\lib\distutils\command\build_ext.py"，第 473 行，在 _build_extensions_serial self.build_extension(ext) 文件中 "C:\Python36\lib\ distutils\command\build_ext.py"，第 533 行，在 build_extension 中依赖=ext.depends) 文件 "C:\Python36\lib\distutils_msvccompiler.py"，第 425 行，在编译中引发 CompileError(msg) distutils.errors.CompileError：命令 'C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\VC\BIN\x86_amd64\cl.exe' 失败，退出状态为 1

我已经在 Python 3.6 上使用 pip (pip install PyStan) 安装了 Pystan，并且正在尝试运行一个简单的模型（这里的第一个示例）

我的 PC 上同时安装了 MS Visual Studio（不支持）和 MinGW-64（支持）。MinGW 可以很好地使用 PyMC3 编译类似的模型，所以在我看来，我只需要让我的 Pystan 包来识别安装并改用该编译器。不幸的是，即使那是正确的，我也不知道该怎么做，有人可以帮忙吗？

我正在尝试将 PyStan 集成到我的工作流程中，但仅编译一个看似简单的模型可能需要 10 多分钟。

一旦模型完成，这种缓慢的编译时间就不应该成为问题。但是对于开发来说，更快地迭代小更改会很好。也许删除编译器优化以加快编译时间是有意义的。

在网上搜索，我发现了两个相关的讨论线程：

• https://github.com/stan-dev/pystan/issues/214
• https://discourse.mc-stan.org/t/why-is-it-so-slow-for-stan-to-compile-model/6004

两者都在讨论引入自定义编译器标志的选项。具有此功能的 PR 已合并，StanModel现在公开extra_compile_args

但它的行为并不像预期的那样。我在这里查看了源代码，它实际上只是添加了额外的编译器选项。它不会覆盖或删除现有的。所以代码总是会被编译-O2

如何影响 PyStan 中 stan 模型的编译，以降低性能换取更快的编译速度？

我对斯坦完全陌生。我只是想拟合一个在测量中具有不确定性的数据，但我无法在拟合中包含不确定性。例如，我有维度为 N 的 x[N]、y[N] 和 yerror[N] 数组。假设数据是二阶多项式：y=a0+a1x+a2x*x，并且我在 y 中有错误，错误[N]。现在我在 pystan 中的代码如下：

该代码不使用数据测量中的不确定性 yerror[N]。怎么做？对不起，如果我在问一些愚蠢的/已经回答的问题。提前致谢。

假设我有一个 gamma=10 的泊松分布。我想拟合一个高斯分布，它可以最小化 KL 散度到泊松分布。这可以通过变分推理来实现。如何使用 Stan 进行优化？

参考手册有一章是关于 VI 的，但只提供了一些关于它是如何在内部实现的高级信息，而不是如何使用它。

用户指南在第22.2 章中提到了 VI，但仅对其效率进行了一些一般性的评论。

关于 SO 的一个相关问题可能是：PyStan API 中的变分推理？

但这只是询问是否在 PyStan 中实现了 advi（它已经实现了）。没有其他信息。