问题标签 [pymc]

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python - 将参数传递给确定性变量,pymc

我正在尝试使用 PyMC 实现一个非常简单的大数定律示例。目标是生成不同大小样本的许多样本平均值。例如,在下面的代码中,我反复采集 5 个样本组 (samples_to_average = 5),计算它们的平均值,然后找到结果轨迹的 95% CI。

下面的代码运行,但我想做的是将 samples_to_average 修改为一个列表,以便我可以一次计算一系列不同样本大小的置信区间。

我见过的大多数使用确定性装饰器的示例都使用全局随机变量。但是,为了实现我的目标,我认为我需要做的是在 getConfidenceInterval() 中创建一个随机变量(长度正确),并将其传递给 sample_average(而不是使用全局/默认参数提供 sample_average)。

如何将在 getConfidenceInterval() 中创建的变量传递给 sample_average(),或者,我可以使用不同的 samples_to_average 值评估多个模型的另一种方法是什么?如果可能的话,我想避免使用全局变量。

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python - 在 pymc 3 中提供测试值

我正在探索在 pymc 中使用有界分布。我试图在两个值之间绑定 Gamma 先验分布。由于缺少测试值,模型规范似乎失败了。我怎样才能传递一个 testval 参数,以便我能够指定这些类型的模型?

为了完整起见,我已经包含了错误,以及下面的一个最小示例。谢谢!

AttributeError: <pymc.quickclass.Gamma object at 0x110a62890> has no default value to use, checked for: ['median', 'mean', 'mode'] pass testval argument or provide one of these.

编辑:出于参考目的,这是一个利用有界伽马先验分布的简单工作模型:

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python - 在 OSX 10.7 上安装 PyMC 时出现中止陷阱 6 错误

我从源代码构建并安装了 PyMC。花了很多调试,但经过很长时间我成功安装了它。但是,现在当我尝试导入它时,它给了我一个Abort Trap: 6错误。

我正在使用 OSX 10.7、numpy 1.8.0、scipy 0.13.0、pandas 0.3.0、matplotlib 1.4.x,并尝试安装 PyMC 3。

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python - 在 Win64 上安装 PYMC - 但 MinGW 似乎无法编译

我正在尝试在 Win7-64 机器上安装 PYMC,使用 Python 2.7.3,作为 Python(x, y) 的一部分安装。

我尝试过使用python setup.py install,但没有奏效。然后我按照这些说明http://pymc-devs.github.io/pymc/INSTALL.html安装了 MinGW 和 MSYS ,但我仍然有下面的错误消息。我已将详细信息添加到我的路径中。

我还尝试使用通过https://groups.google.com/forum/#!searchin/pymc/install $20windows/pymc/_10AZdgd620/wFPh4qium8QJ 链接到的 MCMC 以及此处列出的其他编译器详细信息https://groups。 google.com/forum/#!topic/pymc/1-ENfS5NBQE和这里http://ultrainfinitum.blogspot.co.uk/2012/12/python-error-unable-to-find-vcvarsallbat.html,其中声明使用以下编译器命令,setup.py install build --compiler=mingw32python setup.py build --force -c mingw32, then python setup.py install --force --skip-build

我收到的错误消息如下:

关于下一步尝试什么的任何想法?

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python - 在 pymc 中为多维随机变量定义不同的界限

我在为多维随机变量定义界限时遇到问题。这是一个虚拟示例来解释我的问题。

如果我想在 [0,100] 之间有一个 3 维离散均匀

这将为 3 个 bin 采样一个 DiscreteUniform,每个 bin 的范围相同(0 到 100 之间)。

现在,我尝试了几种方法来为每个 bin 定义不同的范围,但无法成功。我尝试了 DiscreteUniform 数组和边界数组(上、下),但它们显然不起作用。

有谁知道如何为随机变量的各个 bin 定义不同的范围?

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python - 具有未知均值和协方差的 PyMC 建模分层回归

模型

我有以下统计模型:

哪里sigma知道。

Q_ir_i(奖励)被观察到。

在这种情况下,r_imu_i是标量,w是 40x1,Q_i是 1x40,phi是 40x1,Sigma是 40x40。

LaTeX 格式版本: http: //mathurl.com/m2utrz4

Python代码

我正在尝试创建一个 PyMC 模型,该模型生成一些样本,然后近似phiSigma.

但是,当我运行该应用程序时,我收到以下错误:

我是否以某种方式错误地设置了我的模型?

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python - PyMC3 中的隐马尔可夫

我有一个多元蒙特卡罗隐马尔可夫问题要解决:

在哪里:

PyMC3 是否已经足够成熟来处理这个问题,还是我应该继续使用 2.3 版?其次,任何对 PyMC 框架中 HM 模型的引用都将不胜感激。谢谢。

——亨克

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pymc - Pymc 和二项式:如何将 7 个二项式拟合到数据中

我有这个问题:我有一群人分为 5 个年龄组。最初他们都是易感的,然后他们患上了疾病,最后他们患上了癌症。我有关于易感人群和癌症携带者年龄组分布的信息。在易感状态和癌症之间,它们经历了7个阶段,具有相同的转变率。我正在尝试创建一个模型,将每个转换模拟为二项式提取并拟合我拥有的数据。我尝试了一些东西,但在分析痕迹的那一刻,没有任何工作你可以看到代码我哪里出错了?谢谢你的帮助

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python - 使用 PyMC 的 MCMC 作为频率分析的有效采样器?

有没有一种简单的方法可以使用 PyMC 的 MCMC 算法有效地对参数空间进行采样以进行常客分析?我对点密度(用于贝叶斯分析)不感兴趣,而是想要一种快速有效的方法来采样多维参数空间,所以我想跟踪所有测试点(即特别是被拒绝的点),而重复点只需要在跟踪中保存一次。

我将不胜感激任何有用的评论。

顺便说一句,感谢开发 PyMC,这是一个很棒的包!

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python - 使用 MS Visual Studio 2008 在 Python 上编译 pymc/matplotlib 失败

尽管多次尝试安装 pymc 都没有运气 - 请参阅https://stackoverflow.com/questions/19878430/installing-pymc-then-matplotlib-win7-64-continues-to-fail-despite-workarounds - 我遇到了另一个 SO 帖子(在 Windows 上为 Python 2.7 构建 lxml)解释说我需要安装 MS Visual Studio 2008 才能编译它,因为我在 Win7-64 上使用 Python 2.7.3,作为 Python 的一部分安装(x,y )。

当我现在使用python setup.py install时,我没有收到“找不到 vcvarsall.bat”错误,但我得到以下信息。在运行以下之前,我添加c:\program files (x86)\microsoft visual studio 9.0\vc\bin到我的 PATH 语句的末尾。

关于这意味着什么/我接下来需要做什么的任何想法,因为我不知道如何取消它?

2013 年 11 月 12 日更新

我现在尝试通过 Sourceforge 提供的二进制和 freetype 安装 matplotlib。两者似乎都没有改善这种情况。关于尝试什么的任何进一步建议?

顺便说一句,真正的目标是安装 pymc - 但是,似乎对 matplotlib 存在依赖关系,以下内容来源于此。