问题标签 [pvclust]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

0 投票
0 回答
50 浏览

r - 如何从 boot.hclust 对象(pvclust)中提取节点位置?

我知道我可以从 pvclust 的最终对象中获取 au/bp 编号,但我无法弄清楚哪些样本或边缘与它相关联。我想要做的是将 au 值分配给样本。谢谢!

0 投票
1 回答
372 浏览

r - pvclust 编辑树状图

我正在运行一些集群分析,我正在使用 pvclust,如下所示:

我想编辑图表并删除红色、绿色数字和灰色数字。我还想根据特定列在 x 轴上着色标签mtcars$cyl

0 投票
1 回答
55 浏览

r - pvclust 可以组合的不是变量,而是 obs。在 R 中

让我们以它为例

我们看到 pvclust 结合了变量。是否可以在集群中结合观察

IE。我想要输出(带有集群变量)

如何将集群与观测值联系起来

0 投票
0 回答
163 浏览

r - pvrect() 水平树状图中的矩形 (R)

我正在尝试在水平树状图中围绕集群绘制矩形。只要我只手动砍树,这很好用,例如

但是,我还想突出显示 发现显着的集群pvlust(),到目前为止,我只能通过 来完成垂直树状图pvrect()

我相信该函数还有更多工作要做rect.dendrogram(),但我不明白我需要从哪些值中获取pvclust()以及将这些值放在哪里。

任何人都可以提供解决方案吗?非常感谢!

0 投票
1 回答
123 浏览

r - 调整 pvclust 包制作的树状图

我想改进我使用该pvclust软件包制作的树状图。正如您在图像中看到的那样,我无法看到大多数 AU / BP 标签。

你能帮我解决这个问题吗?我想查看树状图的所有 AU / BP 标签。

下面是一个可执行代码。

谢谢!

在此处输入图像描述

考虑 325 个地点

在此处输入图像描述

0 投票
0 回答
29 浏览

r - 在 R 中查看具有许多节点的 pvclust 树

有没有办法查看节点太多(大约 10000+)的层次树?更改文本大小根本不是查看标签的可行选项。我尝试转换为树状图并切割,但 p 值消失了。我还需要查看 p 值。

目前它看起来像这样