0

我想改进我使用该pvclust软件包制作的树状图。正如您在图像中看到的那样，我无法看到大多数 AU / BP 标签。

你能帮我解决这个问题吗？我想查看树状图的所有 AU / BP 标签。

下面是一个可执行代码。

谢谢！

library(rdist)
library(pvclust)
library(geosphere)

df<-structure(list(Latitude = c(-23.8, -23.8, -23.9, -23.9, -23.9,  -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, 
+ -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9), Longitude = c(-49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.7, 
+ -49.7, -49.7, -49.7, -49.7, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6), Waste = c(526, 350, 526, 469, 285, 175, 175, 350, 350, 175, 350, 175, 175, 364, 
+ 175, 175, 350, 45.5, 54.6)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -19L))

coordinates<-subset(df,select=c("Latitude","Longitude")) 
d<-as.dist(distm(coordinates[,2:1]))
mat <- as.matrix(d)
mat <- t(mat)
fit <- pvclust(mat, method.hclust="average", method.dist="euclidean", 
               nboot=1000, r=seq(0.9,1.4,by=.1))
fit
plot(fit,hang=-1,cex=.8,main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")

在此处输入图像描述

考虑 325 个地点

在此处输入图像描述

4

1 回答 1

1

最简单的方法是改变绘图窗口的大小并增加hang=参数：

x11(width=12, height=8) # quartz(width=12, height=8) for mac or windows(width=12, height=8) for Windows
plot(fit,hang=.05,cex=.8,main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")

树状图

这是一个包含 150 个案例的示例（大约是您拥有的 325 个案例的一半，但来自 R 包含的数据集：

data(iris)
mat <- t(as.matrix(iris[, 1:4]))
fit <- pvclust(mat, method.hclust="average", method.dist="euclidean",
               nboot=1000, r=seq(0.9,1.4,by=.1))

现在将结果打印为 pdf：

pdf(file="Dendrogram.pdf", width=13, height=7.5)
compression="lzw")
plot(fit,hang=.05, cex=.5, cex.pv=.5, main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")
dev.off()

树状图

pdf 具有更好的分辨率，但文本中的重叠较少。另一种选择是减少标签：

plot(fit,hang=.05, cex=.5, cex.pv=.5, print.num=FALSE, print.pv=FALSE, 
     labels=FALSE, main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")

这仅打印没有任何标签的树状图，因此您可以看到结构但看不到细节。在某些情况下，数据代表几个组。iris数据包括三个物种。您可以通过更改为仅标记物种，labels=rep(1:3, each=50)以便数字 1、2、3 标识三个物种。

于 2020-12-15T18:56:48.327 回答