问题标签 [proc-r-package]

我正在使用caret包生成的 SVM-RFE 模型中的交叉验证数据（10 倍重复 5 次）。我知道包在计算指标时caret与pROC包一起使用，但我需要使用ROCR包来获得平均 ROC。但是，我注意到使用每个包时的平均 AUC 值并不相同，所以我不确定是否应该不加区分地使用两个包。

我用来证明的代码是：

结果略有不同：

我注意到在许多情况下，平均 AUC 计算给了我不同的结果，例如在[5]和[22]中[25]：

我尝试过使用其他 SVM-RFE 模型，但问题仍然存在。为什么会这样？难道我做错了什么？

我正在计算一个使用函数（包）"ROC"作为度量的 SVM-RFE 模型。据我所知，该算法使用包的函数及其预定义的参数来优化 AUC 值。但是，我想将参数设置为，而不是因为在某些情况下，结果平均 AUC 是反向计算的（我的数据不是很好......）。此处的答案中解释了此问题：使用 ROCR 和 pROC (R) 计算平均 AUC 的差异rfecaretrferocpROCdirection"<""auto"

如何roc在rfe计算中更改函数的默认参数值？

我试过这个简单的选项，但它不起作用：

我想使用 pROC 包计算不同的分类指标（敏感性、特异性）。为此，我可以将包中的coords函数pROC用作：

在这里它被认为1是积极的类，即可能是最流行的类，但我不确定。我想知道，是否可以使用“0”作为正类。例如，您可以在caret包的confusionMatrix功能中这样做：

因为1积极和

作为0正类。我正在使用 pROC 包，因为它提供了其他功能，例如确定最佳截止值等，这在插入符号中是不可能的。但是，有没有办法在包中指定正负类pROC？

我试图创建一个类似于网站上的图形。但是，我遇到了一个更基本的问题：我的 R 图中有一些我想去掉的空白。这是使用包pROC。我提供了一个可重现的示例来说明该问题：

上面的代码最终看起来像下图：

如您所见，图像在 y 轴和图的最左侧部分之间有很多空白区域，图的右侧也是如此。该问题仅在使用时出现plot.roc()。我什至尝试制作我试图模拟的情节（使用网站上提供的代码），但最终还是得到了不同的图像（第一段中描述的图像的代码包含在下面）：

使用完全相同的代码的原始图片中没有空白。

我的 R 设置可能有问题，尽管在第二台计算机上运行代码时问题仍然存在。有人可以提供帮助吗？

在过去的几天里，我一直在分析 R 实现随机森林的性能以及可用的不同工具，以获得：

• 曲线下面积
• 灵敏度
• 特异性

因此，我使用了两种不同的方法：

• 来自pROC库的mroc 和 coords以获得模型在不同截止点的性能。
• 插入符号库中的混淆矩阵，以获得模型的最佳性能（AUC、准确度、灵敏度、特异性……）

关键是我已经意识到两种方法之间存在一些差异。

我开发了以下代码：

如果比较结果和准确度数据变量，可以看到敏感性和特异性之间的关系是相反的。

也就是说，confusionMatrix的结果是：

但是如果我在坐标计算中寻找这样的敏感性和特异性，我发现它们交换了：

显然，灵敏度和特异性在坐标和混淆矩阵中是相反的。

考虑到confusionMatrix 正确识别了正类，我假设这是对敏感性和特异性的良好解释。

我的问题是：有什么方法可以强制坐标以我想要的方式解释正负类？

经过大量搜索，我找不到我的问题的答案。我想使用 for 循环或 sapply 使用 pROC 包生成 ROC 曲线。

我的数据库看起来像这样（只有 26 列和 74 行）：

我可以“手动”制作 ROC 曲线：

对于“自动”，我尝试过：

第一条 roc 曲线总是 mnT1G：

添加其他 roc 曲线（data$Img 是来自另一个数据帧的所有图像名称（如 T1G、T01 等））。我知道他们都将是蓝色的：

但我得到这个错误：

roc.default(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn", i, sep = "")], 中的错误：预测器必须是数字或有序的。

for 循环也会发生同样的情况：

我检查了这些列，它们都是数字的。所以也许我的脚本中的类出了点问题？

从 glmnet 获得我的预测后，我尝试使用“ROCR”包中的“预测”函数来获取 tpr、fpr 等，但出现此错误：

我已经输出了 glmnet 预测和标签，它们看起来格式相似，因此我不明白这里什么是无效的。

代码如下，输入可以在这里找到input。这是一个小数据集，运行时间应该不会太长。

感谢你的帮助！

在运行逻辑回归后，我正在使用以下代码绘制 ROC 曲线。

绘制的 ROC 曲线如下所示（参见下面的链接）

1. x 轴刻度不填充 who 图表。
2. 如何更改 x 轴以报告 1 - 特别是？

我想用 pRoC 绘制 ROC 曲线。但是由于某种原因，x 轴的任一侧都有额外的空白空间，我无法使用 xlim 将其删除。一些示例代码：

我尝试了 pROC 帮助文件，但这并没有真正帮助我。更让我不解的是，Y轴看起来还不错……

我真的很感谢你的帮助！

我正在使用pROC 包使用以下函数绘制接收器操作曲线：

我还想突出显示与特定 p 值相对应的曲线上的点。假设我知道哪些预测值对应于我的特定 p 值。我怎样才能做到这一点？