问题标签 [pbs]

向 PBS 排队系统提交作业脚本时，会自动或由用户指定挂钟时间，例如通过

问题是这个时间是否可以从作业脚本中访问。是否有环境变量或其他方式来获得这个walltime。

最后，作业脚本应该不时决定是否有足够的时间来做更多的工作，这样作业就不会被排队系统杀死。

更新：

至少如果用户在资源列表中指定了 walltime，我可以提出以下解决方法（适用于 bash）

它从 qstat 输出解析 walltime 并将值放在 PBS_WALLTIME 变量中。因此，命令

会产生类似的东西

有时当我在 PBS 集群上运行作业时，我真的很喜欢两个地方的作业日志（-o 文件）。一个用于将所有东西$PBS_O_WORKDIR放在一起，另一个${HOME}/jobOuts/用于 greping/awking/etc...

从命令行进行测试适用于tee：

但是，一旦我尝试将其放入我的 PBS 脚本中，如果我将其放入 PBS 脚本和 qsub 中，它就不起作用

这是 qsub 和错误：

我在下面尝试了其他一些事情 - 没有任何效果。

一个 -o 行（逗号、分号和空格）：

和两行：

两个工作班轮只采用第二个 -o 选项，一个班轮不起作用。

有什么建议么？可能吗？

我在 Linux 中使用 pov-ray（渲染工具）。我必须并行化我的代码，以便我可以同时使用 10 台计算机进行渲染，我必须使用 torque_pbs 来完成这项任务。我知道如何用进程数和所有像素来划分像素。但问题是我不知道如何将像素块作为 pbs_job 发送到其他计算机，我也不知道如何将不同机器的输出组合成一张大图？

我所知道的是，我必须为此编写一个 bash 脚本。

我正在使用 PBS 队列，有一个队列，当我提交作业时，它立即进入退出状态，并且没有可用的输出/错误文件（例如，没有 do.sh.exxxxxxxxx 和 do.sh.oxxxxxxx）

当我使用python提交一系列作业时，一些作业会进入R状态几秒钟，然后进入退出状态。那些已经进入 R 状态的将有输出/错误文件

错误文件显示

tput: No value for $TERM and no -T specified /var/spool/torque/mom_priv/jobs/9282194.redwood.speech.cs.cmu.edu.SC: Command not found.

队列本身应该没问题，因为其他人正在愉快地提交作业，但我什至无法提交作业。我使用的脚本也可以在其他机器上使用，所以我相信脚本应该没问题。我只是不知道为什么有一个我不能提交的特定机器。

感谢您阅读这篇文章，非常感谢您的帮助。

当我尝试这样更改队列时：

设置队列标准 total_jobs=16

我收到以下错误：

qmgr obj=standard svr=default: 无法设置属性、只读或权限不足 total_jobs

我以 root 身份发出命令。

我正在尝试xvfb-run通过 py.sh 执行，但我得到sh.ErrorReturnCode_1并且没有创建任何结果 pdf。

我创建了一个小 html 文件：

然后我xvfb_run在 Python 中通过 sh.py 运行：

然后，我在 shell 中检查是否已创建任何内容，但没有任何内容：

所以我然后xvfb-run从上面复制命令，它工作正常：

还有我试图创建的 PDF 文件：

然后我尝试使用call标准库中的方法：

然后我认为DISPLAY没有设置环境变量，但我对此也不满意：

知道为什么 py.shcall无法运行该命令吗？我在这里缺少什么吗？

我正在研究 ROMS 建模。我刚刚在 linux 集群上安装了 Openmpi。我也相应地调整了 LD_LIBRARY_PATH。我现在面临一个独特的问题。

当我从 bash shell 中给出 mpirun -np 4 ./oceanG ocean.in 时，它可以正常运行模型。但是，批处理文件中的相同命令无法将 ./oceanG 链接到 netcdff5.so。

我收到以下错误消息。

./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享对象文件：否此类文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享对象文件：没有此类文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享目标文件：没有这样的文件或目录

我的 PBS 文件如下

寻找这个奇怪的解决方案

操作系统版本

CentOS release 4.6 (Final) Kernel \r on an \m 2.6.9-100.ELsmp

问题

当我运行 qdel 时，出现以下错误：

qdel：未知作业 ID 20432.scyld.localdomain

信息

qstat -n 的输出

'/var/spool/torque/server_name' 的内容

scyld.localdomain

问题

为什么我会收到错误消息？

我正在尝试在 Matlab 中创建随机数，这在多个 PBS 作业中会有所不同（我正在使用作业数组）。每个 Matlab 作业都使用一个并行 parfor 循环，其中生成随机数，如下所示：

然而，当我绘制我的结果时，我发现来自不同工作的结果并不是完全随机的 - 我无法量化它，例如说数字完全相同，因为我的结果是随机数的函数，但它是正确的绘制它时。我尝试使用进程 ID 和/或时钟初始化每个作业中的随机种子：

但这并没有解决问题。在使用 shuffleSeed（基于时钟）之前，我还尝试在每个作业中暂停不同的秒数。

所有这一切让我觉得 parfor 在某种程度上弄乱了随机种子 - 如果 parfor 需要确保您在 parfor 的不同迭代中获得不同的随机数，这是有道理的。

我的问题是，真的是这样吗？我怎样才能解决它并在不同的 PBS 工作中获得随机性？

编辑运行 4 个作业，每个作业使用 parfor 和 2 个工人，我验证虽然每个作业都有它自己的种子（设置在 parfor 之外），但生成的数字在作业之间是相同的（不是跨 parfor 的迭代 - 由 Matlab 处理） .

编辑 2尝试@Sam Roberts 的建议，我使用以下代码：

但在对上述脚本的不同调用中，我仍然得到相同的数字。

我正在使用 PBS qsub 在集群上运行脚本，该脚本必须输出以批处理作业提交时间命名的报告文件。

批处理作业提交时间是它加入 PBS 批处理作业队列的时间。

我检查了所有 PBS 默认变量，但没有找到与作业提交时间相关的任何内容。

我想知道如何在不创建新输入变量的情况下获得这个时间。

谢谢。