问题标签 [owlready]

我想以编程方式在一致的本体中获得对推断公理的解释，就像在 Protégé UI 中可以做的那样。我找不到任何直接的方法。我找到了owlexplanation repo，但我无法终生解决依赖问题来设置owlexplanation环境。我还浏览了有关解释的 owlapi 的javadoc（以完全避免其他 repo），但除了浏览 Java 源代码已经看到的内容之外，我没有看到任何有用的东西。

我曾想过简单地否定推断的公理，以通过不一致来获得解释，但我更喜欢更干净的东西，而且我不确定这种方法是否正确。

其他（可能）有用的上下文：

• 几年前我使用过一些 Java，但我现在主要使用 Python（我尝试将 OWL API 与 JPype 一起使用，而 OWL 通常与 Owlready2 一起使用）。
• 我正在使用 HermiT 推理器（再次通过 JPype）（根据 build.xml 文件，最新稳定版本 1.3.8）。
• 我已经设法从 HermiT 源代码中获得了对我的设置中的不可满足性和不一致的解释，而没有owlexplanation遵循这个示例。
• 我掉进了兔子洞，想要制作一个可用的.jar文件owlexplanation，以便将它添加到我的 JPype 类路径中。当我一开始无法构建 Java 项目时，我的计划就落空了。
• 我正在使用 Intellij IDE。

我将不胜感激任何见解或提示。

2022 年 1 月 6 日更新：

我决定用干净的头脑再次尝试owlexplanation代码，所以这就是我所在的位置：

• 从 github 下载源代码并解压缩 zip。
• 启动 IntelliJ，而不是从“从现有源创建项目”，我单击“打开”并选择提取的目录。
• 我建立了这个项目，它成功了。
• 从 Maven 工具中，我成功运行干净、验证、编译和测试。
• 如果我运行“包”Maven 操作，它会抛出“环境变量 JAVA_HOME 未正确设置”的错误。问题是，如果我去 File>Project Structure，我看到 SDK 设置为 11，它不是空的。
• 此外，从pom.xml文件中我得到这些问题：
  • Plugin 'org.apache.maven.plugins:maven-gpg-plugin:1.5' not found
  • Plugin 'org.sonatype.plugins:nexus-staging-maven-plugin:1.6.6' not found

2022 年 1 月 8 日更新：（尝试@Ignazio 的回答）

我创建了一个新的 IntelliJ 项目，并添加了 @Ignazio 提到的 Maven 依赖项（加上其他一些类似slf4j等），我得到了一个工作示例（我认为）。转到我的主要项目（使用 JPype），我必须手动下载一些 .jar 以包含在类路径中（因为这里不能使用 maven）。这些是目前下载的：

接下来，NullPointerException在尝试使用时会抛出a loadOntologyFromOntologyDocument()。我已尝试按照此处的建议重新下载 jar ，但仍然存在异常。可能是缺少一些 .jar 吗？我根据NoClassDefFoundError将发生的抛出下载了它们。

这发生在一个pizza.owl可以正常工作的通用文件中。

编辑：我曾经mvn dependency:copy-dependencies -DoutputDirectory=OUTPUT_DIR获取依赖项并使用 OUTPUT_DIR 作为类路径，但NullPointerException它已经消失了，所以看来我确实缺少一些 .jar 文件。

作为记录，然后我遇到了其他问题（gen.getExplanations()抛出NoSuchMethodError错误），但我没有更多时间来调试它。我将抛弃 JPype，不管它多么方便，只需从 Python 中调用 Java，使用subprocess. 这些是（我猜）Jpype 问题，所以我接受 Ignazio 的回答，因为它解决了我的 Java/OWL API/owlexplanation 方面的问题。

我试图详细了解本体的rector-normalization-technique。我使用owlready来实现示例。

文章建议有一个断言的单继承结构，并通过推理引入多继承。例如，它使用的类为Protein,Insulin和Protein_Hormone, Hormone_Role。

断言的事实：

• Insulin is_subclass_of Protein
• Insulin plays_role Hormone_Role
• Protein_Hormone相当于 ( Protein and plays_role owl:someValuesFrom Hormone_Role) （定义的类）

在推理器运行后，Insulin被正确识别为Protein_Hormone （预期结果）的子类。

然而，它仍然被归类为蛋白质的直接亚类。我认为这种关系是多余的，因为根据定义，每个实例都Protein_Hormone必须是 a Protein。另外，如果我应用 Protegé，推断的类结构不包含这种冗余关系，如下所示：

有没有一种（规范的）方法来摆脱这种多余的子类关系？

或者，为什么我对多余的怀疑是错误的？

此问题的代码（另请参阅此笔记本的输出）：

知识图中存在的一些实体/类对它们执行了操作，例如“联合”、“交集”等。下面是一个本体文件，它在其各种类上有很多联合操作。

本体->链接

问题：我想提取所有涉及同一个联合操作的类。例如，如果 A、B 和 C 类与联合操作相关联。我希望他们在一起。

到目前为止尝试过：我尝试过使用 rdflib 并经历了所有的三元组。但是没有一个三元组包含联合信息，即使文件中有联合操作。

我也尝试过 owlready2，它有一个列出所有不相交类的方法，但没有获得类联合的功能。

如果有一种方法可以让类参与特定的联合操作，那将是非常有帮助的。

PS：我在我的项目中使用 python

我有一个 rdf/xml 语法的 OWL 文件，其中包含一个断言的本体。我想应用 OWL DL 推理器来推导额外的公理。我知道我可以在 protegé 中打开文件并在那里应用推理器。但是，我寻找命令行解决方案，因为我想在脚本中自动化该过程。

我知道owlready2附带了推理器 Pellet 和 Hermite，它们作为二进制文件 ( .jar) 包含在内，但它们似乎已经过时了（参见例如这个 repo），因为 Pellet 3.0 已经成为封闭源代码。

我尝试安装https://github.com/Galigator/openllet但未能在我的机器上构建它。

是否有任何可用的（首选 FLOSS 许可的）OWL DL 推理器，可以通过命令行轻松安装和应用？

一直在使用 owlready2 来解析多个输入 OWL 本体。问题是：每次尝试加载第二个本体时都会出错。如果我只加载一个，一切正常。每当我尝试加载第二个时，我都会收到与 owlready load() 函数相关的错误：

相关信息：

1. 在我的机器上，我可以做尽可能多的负载并且工作正常
2. 仅当将我的代码移植到我部门的 linux 服务器以进行部署时，才会发生此错误。

有什么建议吗？

我有以下代码（最小示例）：

导致[onto0.Animal]. 换句话说，在新世界w1中定义的类不被识别为 的子类Thing，尽管被这样定义。

→ 那么，我怎样才能获得在非默认世界中定义的子类？

如果我更改base_iri本体的属性，则此更改在保存到文件后会丢失。如何更改 base_iri 以使此更改是永久性的？

自包含示例：

这输出

但我想要输出