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我想在三台服务器的异常网络配置上使用 MPICH2 MPI 库：

只有 eth0-eth5 对；eth1-eth2；eth3-eth4 已连接。在每一对中都有一个不同的 ip 子网。

我可以用 nemesis & tcp 设置 MPICH2 吗？PM 是 hydra 使用这样的网络配置吗？

请注意，我无法在 server1 上的 eth0 和 eth1 之间或 server2 上的 eth2 和 eth3 之间设置桥接网络；这是我的 eth 驱动程序的限制。

如果使用的 MPI 是 MPICH2，MPI 程序将使用多少 tcp 连接来发送数据？如果您也了解 pmi 连接，请分别计算它们。

例如，如果我有 4 个进程和另外 2 个通信器（COMM1 用于第 1 和第 2 进程，COMM2 用于第 3 和第 4 进程）；数据在每对可能的进程之间发送；在每一个可能的传播者中。

我使用最近的 MPICH2 + hydra + 默认 pmi。操作系统是linux，网络是交换以太网。每个进程都在单独的 PC 上。

所以，这里是数据的路径（成对的进程）：

我认为可以有

• 情况1：

只会使用 6 个 tcp 连接；在 COMM1 和 MPI_COMM_WORLD 中发送的数据将混合在单个 tcp 连接中。

• 案例二：

8 个 tcp 连接：MPI_COMM_WORLD 中的 6 个（全对所有 = 全网格）+ 1 <-> 2COMM1 中的 1 个 + 3 <-> 4COMM2中的 1 个

• 我没有想到的其他变体。

我有一个混合 mpi-openmp 代码，该代码因分段错误、终止错误而崩溃。我使用 mpif90/ifort 编译，并使用 mpich2。这是我使用并得到错误的编译行：

使用此命令时，如果我从一个节点运行，指向包含不同节点的机器文件，则会出现分段错误：

但是，如果我从特定节点（比如 node1）运行它并且机器文件中只有“node1”，那么它会按预期运行，每个节点使用正确数量的线程（比如“node1”是否在机器中列出了两次文件和 mpiexec 命令就像“mpiexec -np 2 ...”）。

我尝试的第二件事不是链接“-openmp”，而是链接“-liomp5”。当我这样做时，代码编译并运行，甚至跨节点。但是，它不会以任何线程方式运行。“omp_get_num_threads”将为每个节点返回 8 个线程（这是正确的），但它只会在机器文件中列出的每个节点运行一个线程，因此不执行任何实际线程。

如前所述，我正在使用最新的 ifort 编译器 (12.1.2) 和 mpich2。堆栈大小是无限的，通过“ulimit -a”验证并将其视为无限。

laplace.f 文件的源代码如下：

运行编译中链接的 -liomp5 时，可以看到：

使用 nthrds = 8 执行，通过打印语句验证，但是当立即通过以下方式检查时：

结果 nthreads = 1。但是，如果在编译时链接 -openmp 时完成（机器文件中的所有相同节点，从同一节点开始运行），nthreads = 8。

如果我先在机器文件中指定头节点名称更长的时间，说：

很多信息，但希望不要太多。谢谢你的帮助。

我整个星期都在努力尝试获得一个 3 机器集群运行扭矩 + mpich2。我的计划是将它用作我的开发环境，并最终在 EC2 或其他一些云中运行生产代码。由于它是一个开发环境，我只是使用一些备用机器（2 64 位，1 32 位以防万一）。这些机器正在使用 Ubuntu 的各种发行版（特立独行、哈迪和业力）。

我遇到的问题是，在一个简单的发送/接收测试程序上，我进行的接收调用似乎内存不足，我不知道为什么。机器上有大约 1.2G 的 RAM 可用，其中 1 个 int 正在发送/接收。

继承人的代码：

这是输出：

如果有任何我没有包含的必要信息，请告诉我，我会添加它。

MPICH2 版本：mpich2-1.4.1p1 从每台机器上的源代码编译
gcc 版本：
master：4.2.4
node1：4.4.5
node2：4.4.1

此外，如果它很重要，node2 是 32 位机器。提前感谢您的帮助。

编辑：我在我过去使用过的集群上运行它，该集群已设置并已知工作以测试代码。该代码似乎可以正常工作，我相信我看到的问题与我的开发集群上的 MPI 配置有关。

好的，所以我试图通过 MPI 发送这样的结构

如果我只是像这样对数据进行一些 BS 分配

而且我假设它不会很好地工作，因为如果我按原样发送这个结构，它只会发送 B 中的指针，并且该指针不指向另一个处理器上的任何内容，那么我将如何发送数据，例如这在 MPI 中。

我有一个用 C++ 编写的实用程序并使用 MPICH2，它进行了一些繁重的计算，我对它的性能不满意，并且有很多改进的范围。

首先，MPICH2 仅使用 exes，因此我必须将数据写入文件并将该文件作为参数传递给该实用程序，该实用程序再次读取所有数据并将输出写回文件。如果我可以在 dll 中使用它，我可以节省大量传递数据的时间。此外，如果我能以某种方式在 GPU 上运行它，这将带来提升（不太确定）。

我想知道将实用程序代码转换为 OpenCL 需要多少努力，或者是否有任何工具可以完成 60-70% 的转换任务。

使用 Boost.MPI 库的目的是什么？它会提高性能吗？它和 MPICH 库有什么区别？

我还没有详细了解 MPI 的实现，但我被要求设置一个第三方软件，该软件与 MPICH2 的 1.4.1pl 版本静态链接，其环境运行 MPICH2 运行时版本为 1.2.1。

我应该期待问题吗？

每个线程读取一个文件的一部分并将其写下来。

在本地机器上工作得很好（mpich）在集群上出错（openmpi）

我的程序在函数 write_result 中的 close(fd) 处终止。

这是错误消息

在搜索了相关问题后，我猜测问题可能来自文件打开和关闭过程。由一个特定线程打开的文件应该由同一个线程关闭。也许 openmpi 无法识别哪个线程打开了它，哪个线程关闭了它。但它在 MPICH 上运行良好。

运行 valgrind 以检测 mpi 应用程序中的错误时，我收到以下错误：

我发现了以下内容： Valgrind 文档（第 4.9.1 节）指出“假定要包装的 MPI 函数位于与 soname 匹配 libmpi.so* 的 ELF 共享对象中。这至少对于 Open 来说是正确的MPI 和 Quadrics MPI，可以根据需要轻松更改。”

因此，由于我使用的是 mpich2，它实际上应该使用 libmpich.so.1.0。

这可以在 libmpiwrap.c 中看到：

我的问题是：我在哪里以及如何配置它？