问题标签 [model.matrix]

我有一个如下所示的数据框：

我已经生成了一个设计矩阵，如下所示：

对于治疗：时间点效应，我的最后一组设置为参考。例如，我想将其更改为“C”组，并且由于某种原因重新调整不起作用。

我也尝试设置一个基础：

如何将时间点的基础更改为“T1”并将交互效果（治疗：时间点）更改为例如组“C”？

我有一个地区 30 天的 SST 数据。但是，会丢失部分每日（几天）数据，如下图所示。所以，我想计算这 30 天获得的这些 SST 数据的平均值。因为有些日子错过了。

我想知道如何计算这 30 天的平均 SST 值？我的数据是 .mat 格式。

例如，即使丢失了一些数据，是否有任何函数（在 Matlab 或 Python 中）可以用来计算平均值？

注意：“NaN”表示丢失的数据。

提前致谢！

以下代码不起作用，有人可以提供帮助吗？

我是 DESeq2 的初学者。目前，我正在尝试使用不同的设计公式来分析来自 Bioconductor package 的数据airway。

我按照DESeq2小插图中的步骤：RNA-seq 工作流程来计算统计结果。但是，当我在设计公式中指定交互项时，出现以下错误消息。

我的问题是，当我按照说明example("results")指定设计公式时会发生错误。为什么会出现这个错误，如何生成具有交互效果的结果？?

如果有人可以帮助我解决这个问题，我将非常感激。

1. 从加载数据package(airway)

2. 重命名和重新调整变量

3. 用设计公式构建 DESeqDataSet~ cell + dex并进行分析。

4. 用交互项分析数据~ cell + dex + cell:dex。

在这一步中，在我用交互项指定设计公式之后~ cell + dex + cell:dex。当我尝试DESeq()在数据集上运行函数时发生错误。

我使用~ cell + dex + cell:dex的设计公式与他们在 中演示的交互设计公式相同example("results")。

5. 我尝试在构建DESeqDataSet. 但是，当我尝试在DESeq()数据集上运行时发生了同样的错误

6. 我试图创建model.matrix并使用它来运行DESeq分析。但是，仍然会发生相同的错误。

我在上述代码块中创建的交互项的两个设计公式与example(results). 我想知道为什么错误不断发生。如何生成具有交互效果的结果？

谢谢大家的时间。

我有一段代码直到今天都可以正常工作。然后我尝试测试我的代码，它马上就坏了。

问题是它说代码中有一个意外的波浪符号，但这正是它应该去的地方。请帮忙

我想知道是否有人知道是否有一种简单而智能的方法可以将矩阵（通过在数据帧上调用“model.matrix”生成）恢复为 data.frame？原因是我在原始数据框不在范围内的函数中使用矩阵，并且我想在不修改整个代码的情况下尝试使用数据框（在我知道我正在尝试的内容是否有用之前） ）。

提前致谢！

给定以下样本批次：

Batch1 = 3x 控制样本、3x Group1 样本 Batch2 = 3x 附加控制样本 3x 附加 Group1 样本 Batch3 = 3x 附加控制、4x Group2 样本、4x Group3 样本、4x Group4 样本

如果我打算从对比 (Group1 - Control)、(Group2 - Control)、(Group3 - Control)、(Group4 - Control) 中发现 DE 基因，以下模型矩阵是否足以检查批次效应的大小：

您是否有任何其他建议来处理 Group2、3、4 都在 Batch3 中但控制样本分布在 3 个批次中这一事实的最佳方法。

感谢您的意见