问题标签 [model.matrix]
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r - 更改设计矩阵 model.matrix 的基础/参考
我有一个如下所示的数据框:
我已经生成了一个设计矩阵,如下所示:
对于治疗:时间点效应,我的最后一组设置为参考。例如,我想将其更改为“C”组,并且由于某种原因重新调整不起作用。
我也尝试设置一个基础:
如何将时间点的基础更改为“T1”并将交互效果(治疗:时间点)更改为例如组“C”?
r - 使用 model.matrix() 创建虚拟变量
以下代码不起作用,有人可以提供帮助吗?
r - 使用 DESeq2 进行带有交互项的差异表达分析
我是 DESeq2 的初学者。目前,我正在尝试使用不同的设计公式来分析来自 Bioconductor package 的数据airway
。
我按照DESeq2
小插图中的步骤:RNA-seq 工作流程来计算统计结果。但是,当我在设计公式中指定交互项时,出现以下错误消息。
我的问题是,当我按照说明example("results")
指定设计公式时会发生错误。为什么会出现这个错误,如何生成具有交互效果的结果??
如果有人可以帮助我解决这个问题,我将非常感激。
- 从加载数据
package(airway)
- 重命名和重新调整变量
- 用设计公式构建 DESeqDataSet
~ cell + dex
并进行分析。
- 用交互项分析数据
~ cell + dex + cell:dex
。
在这一步中,在我用交互项指定设计公式之后~ cell + dex + cell:dex
。当我尝试DESeq()
在数据集上运行函数时发生错误。
我使用~ cell + dex + cell:dex
的设计公式与他们在 中演示的交互设计公式相同example("results")
。
- 我尝试在构建
DESeqDataSet
. 但是,当我尝试在DESeq()
数据集上运行时发生了同样的错误
- 我试图创建
model.matrix
并使用它来运行DESeq
分析。但是,仍然会发生相同的错误。
我在上述代码块中创建的交互项的两个设计公式与example(results)
. 我想知道为什么错误不断发生。如何生成具有交互效果的结果?
谢谢大家的时间。
r - R:波浪符号在需要它的方程式中显示为错误
我有一段代码直到今天都可以正常工作。然后我尝试测试我的代码,它马上就坏了。
问题是它说代码中有一个意外的波浪符号,但这正是它应该去的地方。请帮忙
r - 将 R 中的 model.matrix 恢复为 data.frame
我想知道是否有人知道是否有一种简单而智能的方法可以将矩阵(通过在数据帧上调用“model.matrix”生成)恢复为 data.frame?原因是我在原始数据框不在范围内的函数中使用矩阵,并且我想在不修改整个代码的情况下尝试使用数据框(在我知道我正在尝试的内容是否有用之前) )。
提前致谢!
r - limma contrasts 消除批次效应的最佳方法
给定以下样本批次:
Batch1 = 3x 控制样本、3x Group1 样本 Batch2 = 3x 附加控制样本 3x 附加 Group1 样本 Batch3 = 3x 附加控制、4x Group2 样本、4x Group3 样本、4x Group4 样本
如果我打算从对比 (Group1 - Control)、(Group2 - Control)、(Group3 - Control)、(Group4 - Control) 中发现 DE 基因,以下模型矩阵是否足以检查批次效应的大小:
您是否有任何其他建议来处理 Group2、3、4 都在 Batch3 中但控制样本分布在 3 个批次中这一事实的最佳方法。
感谢您的意见