问题标签 [model.matrix]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

0 投票
1 回答
65 浏览

r - 更改设计矩阵 model.matrix 的基础/参考

我有一个如下所示的数据框:

我已经生成了一个设计矩阵,如下所示:

对于治疗:时间点效应,我的最后一组设置为参考。例如,我想将其更改为“C”组,并且由于某种原因重新调整不起作用。

我也尝试设置一个基础:

如何将时间点的基础更改为“T1”并将交互效果(治疗:时间点)更改为例如组“C”?

0 投票
1 回答
47 浏览

matlab - 计算全月SST数据的平均值

我有一个地区 30 天的 SST 数据。但是,会丢失部分每日(几天)数据,如下图所示。所以,我想计算这 30 天获得的这些 SST 数据的平均值。因为有些日子错过了。

我想知道如何计算这 30 天的平均 SST 值?我的数据是 .mat 格式。

例如,即使丢失了一些数据,是否有任何函数(在 Matlab 或 Python 中)可以用来计算平均值?

注意:“NaN”表示丢失的数据。

提前致谢!

在此处输入图像描述

0 投票
2 回答
86 浏览

r - 使用 model.matrix() 创建虚拟变量

以下代码不起作用,有人可以提供帮助吗?

0 投票
1 回答
179 浏览

r - 使用 DESeq2 进行带有交互项的差异表达分析

我是 DESeq2 的初学者。目前,我正在尝试使用不同的设计公式来分析来自 Bioconductor package 的数据airway

我按照DESeq2小插图中的步骤:RNA-seq 工作流程来计算统计结果。但是,当我在设计公式中指定交互项时,出现以下错误消息。

我的问题是,当我按照说明example("results")指定设计公式时会发生错误。为什么会出现这个错误,如何生成具有交互效果的结果??

如果有人可以帮助我解决这个问题,我将非常感激。

  1. 从加载数据package(airway)
  1. 重命名和重新调整变量
  1. 用设计公式构建 DESeqDataSet~ cell + dex并进行分析。
  1. 用交互项分析数据~ cell + dex + cell:dex

在这一步中,在我用交互项指定设计公式之后~ cell + dex + cell:dex。当我尝试DESeq()在数据集上运行函数时发生错误。

我使用~ cell + dex + cell:dex的设计公式与他们在 中演示的交互设计公式相同example("results")

  1. 我尝试在构建DESeqDataSet. 但是,当我尝试在DESeq()数据集上运行时发生了同样的错误
  1. 我试图创建model.matrix并使用它来运行DESeq分析。但是,仍然会发生相同的错误。

我在上述代码块中创建的交互项的两个设计公式与example(results). 我想知道为什么错误不断发生。如何生成具有交互效果的结果?

谢谢大家的时间。

0 投票
0 回答
41 浏览

r - R:波浪符号在需要它的方程式中显示为错误

我有一段代码直到今天都可以正常工作。然后我尝试测试我的代码,它马上就坏了。

问题是它说代码中有一个意外的波浪符号,但这正是它应该去的地方。请帮忙

0 投票
0 回答
14 浏览

r - 将 R 中的 model.matrix 恢复为 data.frame

我想知道是否有人知道是否有一种简单而智能的方法可以将矩阵(通过在数据帧上调用“model.matrix”生成)恢复为 data.frame?原因是我在原始数据框不在范围内的函数中使用矩阵,并且我想在不修改整个代码的情况下尝试使用数据框(在我知道我正在尝试的内容是否有用之前) )。

提前致谢!

0 投票
0 回答
26 浏览

r - limma contrasts 消除批次效应的最佳方法

给定以下样本批次:

Batch1 = 3x 控制样本、3x Group1 样本 Batch2 = 3x 附加控制样本 3x 附加 Group1 样本 Batch3 = 3x 附加控制、4x Group2 样本、4x Group3 样本、4x Group4 样本

如果我打算从对比 (Group1 - Control)、(Group2 - Control)、(Group3 - Control)、(Group4 - Control) 中发现 DE 基因,以下模型矩阵是否足以检查批次效应的大小:

您是否有任何其他建议来处理 Group2、3、4 都在 Batch3 中但控制样本分布在 3 个批次中这一事实的最佳方法。

感谢您的意见