给定以下样本批次：
Batch1 = 3x 控制样本、3x Group1 样本 Batch2 = 3x 附加控制样本 3x 附加 Group1 样本 Batch3 = 3x 附加控制、4x Group2 样本、4x Group3 样本、4x Group4 样本
如果我打算从对比 (Group1 - Control)、(Group2 - Control)、(Group3 - Control)、(Group4 - Control) 中发现 DE 基因，以下模型矩阵是否足以检查批次效应的大小：
mm <- model.matrix(~Batch + Group, df)
y<- lmFit(mat, mm)
tmp <- contrasts.fit(y, coef = "batch coeff")
tmp <- eBayes(tmp)
tmp <- topTable(tmp, n = Inf)
您是否有任何其他建议来处理 Group2、3、4 都在 Batch3 中但控制样本分布在 3 个批次中这一事实的最佳方法。
感谢您的意见