问题标签 [itk]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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registration - 如何使用 ITKTools 将 4D 图像系列保存到单个 DICOM 文件?

我有几个 3D CT 扫描,我将使用 Metz 等人 (2010) 在 elastix 注册工具箱 ( http://elastix.bigr.nl/wiki/index.php/Par0012 )中实现的分组注册方法进行注册. 该工具要求将 4D 数据(多个 3D 图像)封装在一个文件中。我知道这可以通过 ITKTools 工具箱的“pxcastconvert”工具来实现(因为 github https://github.com/ITKTools/ITKTools/blob/master/src/castconvert/castconvert4D.cxx中有一个“castconvert4d.cxx” ) 但我无法找出正确的命令行参数。用法是:

如果可能的话,您能否建议我如何使用 pxcastconvert 在单个文件 DICOM 或 MHD 文件中组合多个 3D 图像?

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itk - 在 QT 中使用 ITK 时出现链接器错误

我正在尝试在 QT 中使用 ITK(QT 的新手和 ITK 中的生锈)我终于能够定义包含路径和 .lib,但我仍然无法运行我的代码。它是一个简单的 dicom 阅读器:

错误出现在最后一行,我收到以下错误

超过 100 次。

有谁知道如何解决此链接器错误或知道我是否会得到答案的提示?

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qt - 架构 x86_64 的未定义符号 - 可视化工具包编译 (VTK - QT)

我正在开发 QT 中的应用程序,基于几个现有工具的组合,例如:ITK、VTK、DCMTK 和 SoQT(以及其他......)。

我正在尝试编译这整个混乱,经过几次尝试,我忍不住得到了这个错误:



关于我正在使用的软件版本,它们是:ITK:4.3.1 VTK:5.10.1 SoQT:1.5.1 DCMTK:3.6.1(2012-11-02的快照)

到目前为止,我认为该错误与库 VTK 库的动态和静态链接有关,因为程序正在寻找的所有文件都已经存在!

您为解决我的问题提供的任何启发都将受到欢迎!

提前致谢!

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c++ - 发布模式下的 ITK 访问冲突错误,但在读取 DICOM 文件时不在调试模式下

好吧,我知道很多人都有 Release VS 的问题。调试模式。我进行了很多搜索,并检查了程序的堆栈跟踪并检查了指针。但是,我不明白为什么我的程序在调试模式下完美运行时,在发布模式下会出现访问冲突错误!在深入 ITK 代码的一些步骤之后,我突然看到一个函数导致访问冲突。我将首先介绍我的代码,然后介绍导致此访问冲突的调用层次结构:

这是我的类型定义:

这是我的功能:

导致错误的调用是这样的:

上面的函数调用经过这个最终导致错误的调用链:

1.

2.

3.

4.

5.

在第 5 步,第一行很好,第二行导致访问冲突。它甚至不让我通过它。我正在使用 Visual Studio 2010。感谢您的回答。

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java - 在数值数组和 SimpleITK Image 对象之间传输

我正在尝试使用 Java SimpleITK 包装器进行医学图像处理。

在利用 ITK 分割过滤器之前和之后,我需要将图像作为普通数字数组进行一些操作。但是,我找不到将数值数组传输到 SITK Image 对象或将 Image 对象还原回数值数组的有效方法。使用嵌套循环来执行每个像素setPixelAsgetPixelAs操作会花费过多的时间。

我知道该getPixelContainer方法现在已弃用(?)并且应该被getBufferAs方法替换,我可以在 Doxygen Image 类列表中看到,但似乎在 Java 包装器(v0.6.1)中被抑制。有没有解决的办法?

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c++ - VTKPNGWriter 打印出黑色图像?

我正在使用 ITK 进行一些图像处理,然后使用 VTK 以 .png 格式打印结果,但是输出图像始终是黑色的。

目前,我正在使用 itk::ImagetoVTKImageFilter(在我的代码中键入 ITKtoVTKFilterType)将 itk::Image 转换为 vtk::vtkImageData。

我什至使用以下代码确认我的 VTK ImageData 包含 255 或 0 的值。

然后我继续执行 ImageCast 以确保数据的类型是 unsignedShort。

最后我使用 vtkPNGwriter 输出 .png 文件。请注意,我已尝试输出实际的 vtkImageData 以及 ImageCastFilter 的输出。

但是,.png 输出始终是黑色的。有谁知道我做错了什么。

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c++ - ITK 安装和示例程序

我是 ITK 新手,我做了以下步骤来安装 ITK 并使用它在 VS2010 中编程

  1. 下载 ITK 4.3.1 并使用 CMAKE 构建它
  2. 构建成功,我有一个包含库的 lib->Debug 文件夹。
  3. 将 bin 文件夹路径添加到环境变量路径。

以下是我的简单代码...

上面的代码返回

我尝试搜索该标题但没有运气。但是在C:\InsightToolkit-4.3.1\Modules\Core\Common\src我找到了 itkConfigure.h.in文件。我真的对如何处理这个 .in 文件一无所知。任何帮助都是最受欢迎的..

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c++ - 在示例代码中运行仿射变换时出错。”

我从 Wiki Example 下载了 AffineTranformation 并将其修改为仿射两个 DICOM 文件。我成功构建它。但是当我运行它时。它有一个错误信使:

这是我的编辑代码。请帮我编辑它。我正在使用适用于 Linux 的 ITK 最新版本 4.3.1

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python - Python 在张量值体积数据上嵌套 for 循环

使用 ITK python 包装,我正在读取一个张量值的卷。在每个张量上,我执行如下操作:

显然,嵌套的 for 循环使用 Python 很慢。但是,我似乎无法使用地图或列表理解来解决这个问题。请注意,该函数是在 9 个值的列表上执行的,这些值表示 3x3 张量。

有人对如何提高性能有建议吗?也许是结果列表的展平操作和手动索引?

谢谢!

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qt - 如何使用 C++ 将 ITK 连接到 VTK?

我是 ITK、VTK 和 Qt 的初学者。我使用visual studio 9。我正在尝试使用ITK阅读DICOM系列并在QVTKWidget(Qt)中使用VTK显示。我基于此代码http://www.itk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/IO/ReadDICOMSeries并根据我的需要进行了修改。

当我用 VTK 阅读 DICOM 系列并在 QVTKWidget 中显示它时,它可以工作,但是当我想用 ITK 阅读这个系列并在 QVTKWidget 中用 VTK 显示时,程序显示系列的第一张图像,当我转到下一张图像时鼠标滚轮,程序崩溃。

当我调试时,我得到了这个错误:

我尝试了 ausssi ImageToVTKImageFilter 类,但遇到了同样的问题。

这是我的代码:

可选:我的出口商和进口商如下:

可能ITK和VTK之间的Pipline有问题,请帮我解决这个问题,我花了两周的时间寻找解决方案但所有方法都失败了,也许还有另一种方法可以绑定ITK和VTK除了 ImageToVTKImageFilter 类。我指望你的帮助。先感谢您。