问题标签 [iranges]

我有一个data.frame由每个线性间隔组成的id：

我正在寻找一个有效的函数，它将每个id. df结果将是：

为此，我最终将能够总结每个联合间隔id以获得它们的组合长度：

我有像这样的农庄对象（显示四个中的两个）：

我使用 MethylSeekR 创建（预测部分甲基化域-PMD）这些 Granges 对象。我想为所有这些 GRanges 对象的 PMD（对于“类型”列）区域绘制维恩图以显示重叠。谁能帮我解决这个问题？非常感谢提前

我在UNIX时间戳和类别中有一个开始时间，结束时间的数据框，如下所示：

我想找到一个类别的重叠在其他类别“b”和“c”中说“a”，对于其他类别来说也是如此。我想找出有多少类别重叠了多少次，例如 2 个类别重叠 3 次，3 个类别重叠 5 次。还有他们重叠的平均持续时间，如下所示。

我有一个运行长度编码的向量，按顺序表示基因组上每个位置的一些值。作为一个玩具示例，假设我只有一条长度为 10 的染色体，那么我将有一个看起来像

我想将其强制转换为 Granges 对象。我能想到的最好的是

这有效，但速度很慢。有没有更快的方法来构造相同的对象？

这是我假设一个有点简单的编程问题，但我一直在努力解决它。主要是因为我不知道该用什么词，也许吧？

给定一组“范围”（以 1-一组如下数字、2-IRanges 或 3-GenomicRanges 的形式），我想将其拆分为一组较小的范围。

示例开头：

中断的示例大小：2000

新数据集：

我在 R 中这样做。我知道我可以简单地生成这些seq，但我希望能够基于区域列表/df 来完成它，而不是每次我有一个新列表时都必须手动执行它的地区。

这是我使用 seq 制作的示例：

给定 22 条染色体，遍历它们并将每条染色体分成几块

这很好用，我想知道是否已经在包中内置了一些东西可以作为单线或者更灵活，因为这有其局限性。

我在 IntegerList 中有位置索引列表，我打算在给定阈值的情况下过滤它们，并且效果很好。但是，我想为每个 IntegerList 提取一个特定的过滤集以供进一步使用。我知道 myList 是嵌套列表，并且数据非常基于真实数据集进行模拟。有什么方法可以轻松优雅地检索想要的 IntegerList 吗？我怎样才能使它发生这种提取？

要运行迷你示例，需要以下库：

小例子：

我打算按如下方式过滤它们：

我的粗略输出：

根据我粗略的输出，我怎样才能得到更优雅的输出？任何有效的方法来实现我的输出？谁能指出我该怎么做？或任何建议如何获得我的预期输出？提前致谢

由于更新了参考基因组，我必须从旧序列（来自床文件）中获取 fasta，以在最后一个版本中找到新坐标。

所以，从我的名为“my.fasta”的fasta文件中，（有35个序列）

我在此之后创建了一个“DNAStringSet”对象：

最后，我尝试使用 rGADEM 从我的 fasta 中提取坐标：

巴德没有工作。如何从我的 fasta 文件中提取坐标？我需要一个 IRange、床或类似的东西。谢谢你。

我有两个数据框：cnv_1

cnv_2

每个大约有 150000 个条目。我想知道哪些片段cnv_1以任何方式与 重叠cnv_2，并且-这对我来说最重要-获得重叠的特定区域。例如，对示例的 data.frames 执行此操作，以获得：

非常感谢你

我在遍历 Granges 列表时遇到问题。

myfeature包含一个对象列表：

...

我interval的就像：

对于功能文件中的每个对象（例如 $FOS），我能够做到

每个对象的一切都很好，但是当我尝试使用时lapply，第二步不起作用

我得到：

或者

非常感谢你帮助我

我想了解功能覆盖对 IRange 的作用。例如下面的代码：

ir <- IRanges (1:3, width = 3) ir IRanges 具有 3 个范围和 0 个元数据列的对象：开始结束宽度 [1] 1 3 3 [2] 2 4 3 [3] 3 5 3 覆盖率 (ir) 整数-Rle 长度为 5，运行 5 次 长度：1 1 1 1 1 值：1 2 3 2 1

为什么这些值会像 123 然后 21 一样重复