r - 如何从 fasta 文件中获取基因组坐标

Question

由于更新了参考基因组，我必须从旧序列（来自床文件）中获取 fasta，以在最后一个版本中找到新坐标。

所以，从我的名为“my.fasta”的fasta文件中，（有35个序列）

我在此之后创建了一个“DNAStringSet”对象：

 library ("GenomicRanges")
 setwd("/pwd")
 pwd  <- "my.fasta" #INPUT FILES- BedFiles, FASTA, etc.
 path <- system.file("pwd", package = "rGADEM")
 FastaFile <- paste(pwd, path, sep = "")
 Sequences <- readDNAStringSet(FastaFile, "fasta")
 Sequences

 A DNAStringSet instance of length 35
     width seq                                              names
 [1]   300 TTCAGATTGGAGATGGTGAATGA...AACCCTCTGCATAGAATCATAG
 [2]   300 GTCTCCCTTCGTGGAGGGGTCAC...TTAACTGAAGATGTTTCCCCGT

最后，我尝试使用 rGADEM 从我的 fasta 中提取坐标：

library("rGADEM")
gadem <- GADEM(Sequences, verbose = 1, genome = Ggallus)

startPos(gadem)
Error in x@motifList[[i]] : subscript out of bounds
endPos(gadem)
Error in x@motifList[[i]] : subscript out of bounds

巴德没有工作。如何从我的 fasta 文件中提取坐标？我需要一个 IRange、床或类似的东西。谢谢你。