问题标签 [igraph]

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r - 如何根据 igraph 中顶点的邻居属性创建顶点属性?

例如,对于每个顶点,我将如何计算向外指向男性的关系百分比?

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r - R 从向量/因子到列表

我的问题如下。我正在使用 R/igraph 处理大数据图。

我需要将clusters()$membership(即向量)的输出转换为对值进行分组的列表。

示例:我有向量 (3,3,3,1,1,4,4) 我需要一个具有以下结构的列表

maximal.cliques()也就是说,函数的输出具有的结构

我尝试在级别列表上使用 lapply,然后使用它来查找某个值的索引。然而这表现真的很差。我正在处理可能有 60K 不同级别的 180K 元素的数据向量。

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r - 在 igraph 中创建新度量

我想为 Burt 的有效尺寸创建一个函数。公式归结为:

有效尺寸 = n - 2t/n

  • 其中 t 是关系的数量(不包括与自我的关系)
  • n 是网络中的人数(不包括自我)。

我不确定从哪里开始在 igraph 内/为 igraph 编写函数。

让我知道更多细节是否会有所帮助...

谢谢。

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python - 使用 Igraph 库确定中介中心性

我是一个非常非常平庸的程序员,但我仍然打算使用igraph python 库来确定用户在给定论坛中的中心性的影响,以预测他以后对该论坛的贡献。

我与使用NetworkX库做类似事情的其他人取得了联系,但鉴于论坛的当前规模,计算精确的中心性指数几乎是不可能的——这需要太多时间。

这是他的代码:

我试图用 igraph 库编写类似的东西(它允许进行快速估计而不是精确计算),但我似乎无法将数据写入 CSV 文件。

我的代码:

我在 igraph 文档中找不到如何调用单个顶点(或 NetworkX 术语中的节点),所以这就是我收到错误消息的地方)。也许我也忘记了其他事情;我可能太糟糕的程序员没有注意到:P

我究竟做错了什么?

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r - 如何在 R 中使用 igraph 计算加权度数分布?

考虑一个数据框df,其中前两列是节点对,连续列V1, V2, ...Vn表示节点之间的流(可能为 0,表示该列的网络没有边)。我想使用流作为权重对程度、社区检测和其他网络度量进行分析。

V1然后根据我的权重分析图表:

第三个 qplot 的输出与第一个没有什么不同。我究竟做错了什么?

更新:

graph.strength正在寻找的也是如此,但graph.strength(g)在我的情况下,给出标准学位输出,然后是:

我必须错误地设置权重,这样做还不够吗?E(g)$weights <- E(g)$V1为什么会g$weights有所不同E(g)$weights

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python - 为 igraph 安装 pycairo 有什么问题?

我按照此处的说明 在 win 上安装 pycairo 并能够在 igraph 中使用绘图

我有 python 2.7 pycairo 1.8.10

和上面链接中写入的具有相同编号的 dll 文件,然后我使用了编写的测试,但我得到了消息:

错误导致无法显示照片或视频。错误代码:0x800706ba


尝试保存到文件时,我也收到以下错误。

这给出了以下错误:

Traceback(最近一次调用最后一次):文件“”,第 1 行,在

文件“C:\Program Files (x86)\Python27\lib\site-packages\igraph\drawing__init__.py”,第 438 行,在图中

结果.save()

文件“C:\Program Files (x86)\Python27\lib\site-packages\igraph\drawing__init__.py”,第 299 行,保存

返回 self._surface.write_to_png(fname)

IOError:写入输出流时出错

为什么这不起作用?

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c++ - 选择一个 c++ 图形库

我目前正在寻找一个 c++ 图形库。(我已经在这里看到了所有不同的帖子,但我的要求完全不同)。

在库的帮助下,我将不得不创建一些图(与 bennes 网络同构),并在它们上应用 beennes 网络路由算法(如果您有兴趣,可以在此处找到该算法。但是,理解它与我的问题的答案无关。)(您必须了解它只是为了了解代码的外观,这是一个简单的操作,仅涉及创建图表并进行一些查询,不涉及任何复杂的算法)。

现在,我的前 3 个库当然是:

BGL BGL 链接

LEMON LEMON 链接

igraph igraph 链接

由于我将不得不使用巨大的图表,我正在拼命寻找一些基准。我看到了LEMON 的代表,他们声称在这方面比 BGL 更好,但我没有找到任何包含 igraph 的基准(因为与 BGL 和 LEMON 相比,igraph 具有更多与我相关的功能,这是一个如果它足够高效,我很乐意使用它的库)。

这里有没有人知道这些基准(或我可能遗漏的一些最重要的优点/缺点)并且可以与我分享他的发现?非常感谢!

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python - Graphml 解析错误

我尝试使用 python 和 igraph 库创建一个 graphml 文件。我可以构造 igraph 的图形对象并将其写入文件,使用:

一切似乎都很成功,但是当我尝试使用以下命令将文件读回 python 时:

我收到了这个错误:

请问我该如何解决?非常感谢。

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r - R中igraph网络的输出shapefile

您好,我在 R 中有一个使用 igraph 库的网络

如何使用顶点中的纬度、经度信息为顶点和边生成两个 shapefile?

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r - 使用 igraph:由 decompose.graph() 构建的组件的社区成员资格

decompose.graph对于使用和 的社区检测功能,igraph我将不胜感激lapply

我有一个带有顶点属性“标签”和边缘属性“权重”的 igraph 对象 G。我想使用 igraph 中的不同函数计算社区成员资格,为简单起见walktrap.community

这个图不是连通的,所以我决定把它分解成连通的组件并walktrap.community在每个组件上运行,然后在原始图 G 上添加一个社区成员顶点属性。

我目前正在做以下事情

此时我被卡住了,因为我得到了结构我无法弄清楚的列表对象。上的文档decompose.graph只告诉它返回列表对象,当我lapply在结果上使用时,我完全糊涂了。此外,社区在每个组件中从 0 开始编号,我不知道如何将weights参数提供给walktrap.community函数。

如果不是组件,我会执行以下操作:

谁能帮我解决这个问题?或者提供一些可能有帮助的信息/链接?