问题标签 [igraph]
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r - 循环以在 R 中创建 igraph 对象列表
我想创建一个 Igraph 对象列表,其中每个 Igraph 对象使用的数据由另一个变量确定。
这就是我创建单个 Igraph 对象的方式
对于net$community
我想创建一个新的 Igraph 对象的每个唯一值。然后我想计算每个对象的中心性度量,然后将这些度量带回我的net
数据集中。非常感谢您的帮助!
c - 如何计算 mst 图的成本。
我在 C 中工作,使用 igraph 库。我需要在 igraph_graph_t 类型(g)中获取给定图形存储的最小生成树。我还有一个 igraph_vector 包含每条边的权重(w)。以下是我的电话:
如何获得 mst 图中每条边的权重?我所需要的只是 mst 的成本。
谢谢,吉列尔莫。
c - 边-权重关联
我正在使用 igraph 库在 C 中工作。
我需要使用以下调用计算图的最小生成树:
在哪里:
- input_graph:要处理的图。是igraph_t类型。
- mst_tree:函数返回的 mst 树。是igraph_t类型。
- w: input_graph图每条边的权重向量。是igraph_vector_t类型。
按照 igraph 库中的要求,边和权重之间的关联由它们的索引给出,即 input_graph中的第一条边的权重由w向量的第一个元素给出,第二条边的权重由下式给出w向量的第二个元素,以此类推。
由于 mst_tree 的边是input_graph边 的子集 (因此, input_graph 和 mst_tree 中的边数量不同),因此无法通过关联它们的索引来获得mst_tree的边权重。
有一些 igraph 函数可以获取 mst_tree 中每条边的权重,只知道mst_tree、input_graph和 w?
吉列尔莫。
c - 基于 igraph 的 C 函数改进
与问题“边缘 - 权重关联”和 Tamás 的回答相关,我编写了以下代码来获取从原始向量权重中提取的 mst 树的弧权重。我将在迁移到 igraph 0.6 时使用此代码。
有些人在代码中看到了一些错误或改进,两者都像 igraph 使用一样。
谢谢,吉列尔莫。编码:
r - 使用 R 的 igraph 中的迭代器 V 和 E 如何工作?
我查看了 V 和 E 的源代码,但我不确定它们是如何工作的。这是V的代码:
我不确定调用 assign 和 attr 的目的是什么。分配图表是否会创建图表的新副本?这是多么有效/低效?也就是说,这会生成多少个图形副本,例如:
谢谢您的帮助。
r - R 库 igraph 中的 get.edgelist 是否返回正确的有向边?
如果传递给 get.edgelist 的图是定向的,那么 get.edgelist 返回的边列表是否保持正确的方向?我认为是这种情况,但在此处找到的文档似乎对此没有任何说明。
r - 防止 R igraph 添加零顶点
我正在使用以下代码创建图表:
g <- graph(c(1,1, 1,4, 2,1, 2,2, 3,1, 3,4, 5,1, 5,2))
我想知道如何创建此图表而不必执行以下额外步骤:
delete.vertices(g, 0)
图函数似乎默认为零索引顶点,因此图中存在不与任何其他顶点连接的顶点 0。我可以使用 V(g) 或简单的 summary(g) 来验证这一点,它显示了 6 个顶点,其 id 从 0 到 5。
r - 如何使用 igraph vertex.shape 功能
有没有人使用过 igraph 的 vertex.shape 功能?这个http://cneurocvs.rmki.kfki.hu/igraph/doc/R/igraph.vertex.shapes.html很有希望,但我无法理解。有没有人有工作代码的例子?
python - 导入大型 iGraph 内存耗尽
我正在尝试导入一个大型 LGL 文件(~2GB),我正在尝试使用 igraph 将其导入
它抛出的错误是
我不确定这里到底发生了什么。内存耗尽错误让我认为分配给python(或底层C)的内存在尝试读取文件时已被用完,但它几乎立即发生,就像它甚至没有尝试做太多事情一样。也许它正在查看文件大小并说“哇,不能那样做”。
不过说真的,我不知道发生了什么。我对 iGraph 的假设是它可以处理非常大的图,而且我认为我的图不会太大。
我确实自己生成了 lgl 文件,但我相信我的语法是正确的。这个错误看起来并不像我的 lgl 文件有问题,但我可能是错的(“解析错误”让我害怕)。
我只是想我会在这里尝试一下,看看是否有更热衷于 iGraph 操作的人会知道如何快速解决这个问题(或扩展内存)。谢谢。
r - 检测社区导致孤立节点
我正在尝试从我的图表中收集一些社区。然而,由此产生的社区由孤立的节点组成,这与我对社区的理解相矛盾。这是我必不可少的 R/igraph 代码:
我犯错了吗?谢谢您的帮助。