问题标签 [heatmap]

我的问题与这个几乎完全相同。但是，我对答案并不满意，因为我想生成一个实际的热图，而不是明确地对数据进行分箱。

确切地说，我想显示作为散点数据和自定义内核之间卷积结果的函数，例如 1/x^2。

我应该如何用 matplotlib 实现这个？

编辑：基本上，我所做的是这个。结果就在这里。我想保留一切，轴、标题、标签等等。基本上只是将情节更改为我描述的那样，同时尽可能少地重新实现。

我有一个多维 int 数组，它有一个“0”或一个“1”。我想创建一个类似于热图的图像。具有“0”的元素将具有一种颜色，而具有“1”的元素将具有另一种颜色。例如

我会得到一个“3 x 3”的图像，有点像这样。

其中白色表示白色，r 表示红色。

感谢您的任何建议。

For the life of me I cannot understand why this method is failing, I would really appreciate an additional set of eyes here:

The error that I get is: row dendrogram ordering gave index of wrong length

If I don't include the distfun, everything works really well and is responsive to the hclust function. Any advice would be greatly appreicated.

我一直在尝试在 R 中为一些微阵列数据生成热图，并且大多数情况下已经成功地根据在线指令生成了一个热图，但它并没有完全符合我的要求。我想要的是基于皮尔逊距离而不是欧几里得距离对数据进行聚类，但我遇到了一些困难。

使用 heatmap2（来自 gplots 包）我使用以下代码来制作我的初始热图：

Test402 是一个有 402 行（基因）和 31 列（患者）的矩阵，data.test.factors 是每个患者所属的结果组的指标。在这里使用 hclustfun 效果很好，热图似乎对方法和整体工作的变化有反应。问题是，聚类距离都是欧几里得距离，我想把它改成皮尔逊距离。所以我尝试以下方法：

上述命令失败。那是因为 Test402需要是方阵。因此，查看一些其他建议，我尝试了以下方法：

这行得通，但问题就在这里。热图现在只显示相关性，而不是 TEST402 中的原始表达式值。这不是我想要的！我想要这个，我只希望树状图以不同的方式聚类，我不想改变热图中实际表示的数据！这可能吗？

heatmap.2 默认使用 dist 计算距离矩阵，使用 hclust 进行聚类。现在有谁可以设置 dist 使用欧几里得方法和 hclust 使用质心方法？我在下面提供了一个可编译的代码示例。我试过：distfun = dist(method = "euclidean")，但这不起作用。有任何想法吗？

我想生成与本文中的热图非常相似的热图：

http://www.gazehawk.com/blog/experienced-users-view-reddit-differently/

这个问题的答案并不完全令人满意，因为热图是用非常幼稚的 python 代码生成的，这对于具有大量点的大型热图来说非常慢。

那么，有更快、更灵活、更简单的解决方案吗？它可以是任何语言，我不在乎。

任何机构都可以建议一个函数来绘制 R 中上三角矩阵或下三角矩阵的热图吗

我想知道是否可以为我为 Google 地图设置的热图制作动画。设置谷歌地图并将热图添加到其中很容易。但它看起来很无聊。我想在热图中添加某种脉冲效果。谢谢

我有一个包含两个不同列的 Excel 文件。一列的值范围从 2 到 15，另一列的值范围从正数到负数。

我想以这样的方式生成热图，即对于第一列，每个值都应该有不同的颜色。第二列应该是渐变的形式。

我尝试使用 excel 条件格式来执行此操作。

但我想知道有没有办法在 R 中做到这一点？

我想向用户展示一个 10000 * 400 瓦片的热图。我程序中的当前状态是我有一个类是JComponent. 在这个JComponent，我有Image瓷砖的实例。如果我有一个 300 * 300 的矩阵，程序使用 800 到 1000 MB 的内存。这太多了。

我还能做什么或让某人控制可以显示如此大的热图？

今天我进行了测试JHeatChart，它创建了一个BufferedImage. 10000 * 400 矩阵的大小低于 400 MB，但该类需要超过 15 分钟才能创建它。这太长了。

有没有人有一些想法或知道可以处理数据的控件？