问题标签 [hclust]

我在那里阅读了该线程，但在该线程中，答案是使用群集 i 的列均值（因此，如果我总共有 3 个群集，则 i = 1、2、3；如果我总共有 2 个群集，则 i = 1,2)。我将在此处复制并粘贴他们的答案：

但这对我来说没有意义！如果我有一个包含 3 个变量/列的数据集，并且我只想要 2 个集群，使用他们的方法，只使用第 1 列和第 2 列的列平均值，并且永远不会计算第 3 列的列平均值！

假设我创建了这样的数据表：

最后一行将返回如下数据表：

然后我缩放数据：

计算距离并创建层次聚类并切割树：

假设我得到了 2 个集群，我如何比较这 2 个集群的质心？以及如何将标签添加到集群？？？

我是 R 新手，但我已经被这个问题困扰了好几个星期了。我有一个包含 343 个观察值和 28 列的数据集。这 28 列中的第一列是标识符。在运行分析之前，我使用 省略了 ID 列newdata <- olddata[,2:28]，然后继续运行聚类分析。我得到了结果，一切看起来都很好；但是现在，我想恢复标识符并将其导出为文本文件，以及至少每个观察的标识符及其相应的簇号。这是一组空间数据，需要放回 GIS 中进行映射。当我使用 k-means 时，这很容易做到，但我不知道如何处理 hclust 结果。

我在两个不同的 hclust 集群上使用 cluster.stats 时遇到问题。那不可能吗？

我使用的是版本 0.99.491 – © 2009-2015 RStudio, Inc.，安装了以下软件包：

我正在创建这些集群：

但是当在它们上使用 cluster.stats 时，我得到一个错误：

错误（在丹麦设置中）：

我错过了什么？

我正在尝试使用 heatmap.2 函数从二进制矩阵创建热图，并从热图中提取树状图，并将树状图保存为 newick 文件格式。该矩阵在行上有基因组，在列上有基因。

为此，我正在运行以下代码。

当我尝试运行它将完整配置文件时，此代码运行良好。但是当我减少基因列的数量时，我在尝试将树状图转换为 hclust 对象的步骤中遇到错误。

错误：all(vapply(s, is.integer, NA)) 不是 TRUE

我尝试在我的数据集中查找任何“NA”值，但没有，否则它也不应该适用于完整数据集。

任何人都可以帮我解决这个错误吗？或建议发生此错误的可能原因是什么？

我正在通过使用进行层次聚类分析hclust()

代码如下所示：

现在，我所需要的只是获取一个包含所有集群和属于它们的观察值（通过它们的行名，而不是编号）的表（或等效的东西），以便我可以将它保存到一些整体文件/数据框 - 例如 Excel。（我想用不同的方法、变量多次运行 hclust 并最终评估结果。）

我现在，它可能很容易，但我不知何故被卡住了......你有什么建议吗？

Ps.：我也想知道使用时这是如何工作的kmeans()

我想NbClust()为几个数据框调用该函数。我通过包含NbClust()函数调用的 for 循环“发送”它们来做到这一点。代码如下所示：

不幸的是，它总是会产生以下错误。奇怪的是，如果我在没有循环的情况下应用相同的函数调用（即仅对一个数据帧），它可以完美地工作......那么有什么问题？

我查看了源代码，NbClust确实有一行包含错误消息的代码，但我无法相应地更改代码。你知道问题可能是什么吗？

if ((res[ncP - min_nc + 1, 15] <= resCritical[ncP - min_nc + : 需要 TRUE/FALSE 的缺失值

此外，它还会产生以下警告：

数据如下：

我想制作下面的图（对于一维 x），但是为了让我们将观察结果定位在 x 轴上的正确位置（而不是在它们的等级位置）：

我怀疑在 R 中没有现成的函数可以做到这一点。关于如何编写这样的函数有什么建议吗？

我正在尝试更多地了解我的数据进行一些聚类分析。使用相同的数据，我首先使用以下代码完成了 hclust：

我有两个明确的集群。很好。

然后我再次使用相同的数据和相同的设置做一个热图。2（我有遗传数据）。这是代码：

问题是我根本没有得到两个清晰的集群，就像只使用 hclust 一样。任何人都可以指出我为什么会这样？我发现的唯一类似的问题是在 R 中理解热图树状图聚类，但它是关于两个命令来做热图，并且设置存在差异，但我的理解是我设置了相同的设置，所以我应该期望相同？有什么很明显的我想念的吗？

此外，我得到两个集群的唯一方法是在 heatmap.2 中改变，“manhattan”的距离函数中的方法，然后是“complete”的 hclust，但是，一些样本仍然在不同的集群中，而不是我刚刚做的集群。这是什么原因？那我应该相信什么？

很抱歉，我无法展示真实数据，因为它是保密的，所以你需要相信我没有得到相同的结果：/

任何帮助或启发将不胜感激！谢谢！

- 编辑 -

所以我尝试了虹膜数据，虽然集群相似，但它们并不完全相同。这是 hclust 的代码：

这是heatmap.2的一个：

我知道这不是有史以来最好的例子，就我而言，集群更加不同......

如何在层次聚类算法的任何步骤中看到距离矩阵（使用hclust函数R）？

我正在尝试使用 R 语言绘制热图。

绘制热图图表后，我发现我的热图不适合解释，因为颜色键的范围没有调整好。

正如您在下面看到的，与我的数据分布相比，颜色键范围非常长。（它们在零到四之间）。因此，热图中的所有颜色都是绿色的。

如何解决这些问题？

以下是我的代码。（我试图搜索解决方案，但我没有找到适合我的案例的线程。）