问题标签 [hclust]

我想创建一个带有水平标签的树状图，但是让叶子根据它们的高度悬挂，而不是仅仅下降到图的边缘。

例子：

关于如何编程的任何建议？

谢谢。

有没有人找到解决 R 3 中明显错误的解决方法，该错误禁止更改集群树状图上的标签大小？

在将 R 更新到 3.01 之前，以下代码可以正常工作（我认为之前的版本是 2.15）：

现在更改参数时标签大小没有变化cex。

我正在尝试使用这个很棒的 D3 布局来可视化一个集群树！但是，它需要 JSON 格式的数据 - 我如何从hclust-objectR 中的 a 转到分层 JSON 结构？

我的谷歌搜索出现了这个hclustToTree函数，它返回一个看起来很有希望的列表 - 但我真的不知道从那里去哪里。任何建议将不胜感激。

我正在使用 R 对我命名为“tissuedata”的矩阵进行聚类。我有一个使用以下代码生成的 hclust 对象：

现在我想从 TissueClust 中打印出行名，同时保留聚集行的顺序。有什么建议么？

以下是“组织数据”矩阵可能包含的内容的示例：

使用以下 6 个意大利城市之间的距离矩阵：

R 会输出它聚集它们的顺序吗：例如，单链接会告诉你：

重要的是我得到一个数字输出而不是从树状图中读取它。

我正在使用 R 的内置相关矩阵和层次聚类方法将每日销售数据分成 10 个集群。然后，我想按集群创建聚合的每日销售数据。例如，我已经创建了一个对象，但我很难只提取对象中簇号为 1cutree()的列名。cutree

为简单起见，我将使用EuStockMarkets数据集并将树分成 2 段；请记住，我在这里使用数千列，因此需要可扩展：

现在，我卡住了。例如，我只想提取treecuts簇号等于 1 的列名。但是，制作的对象cutree()不是DataFrame，使得子设置变得困难。我尝试转换treecuts为数据框，但 R 不会为行名称创建列，它所做的只是将数字强制转换为具有 name 的行treecuts。

我想做以下操作：

......瞧，我完成了。

想法/建议？

I have the following code that perform hiearchical clustering and plot them in heatmap.

What I want to do is to print the cluster member from each hierarchy of in the plot. I'm not sure what's the good way to do it.

I tried this:

But having problem in interpreting the result. What's the meaning of each value in the matrix? For example g9-9=8 . What does 8 mean here?

Your expert advice will be greatly appreciated.

我尝试通过以下方式将聚类方法构建为函数：

但是为什么会出现以下错误：

正确的方法是什么？

在 R 中使用“heatmap()”函数生成热图后，有没有办法专注于并提取特定集群的成员？

我有一张 4500 x 420 成员的热图，它会很有用。

谢谢。

我已经尝试了几天来翻转树状图，以便最后一个基因是图中的第一个，第一个是最后一个。但是，即使我已经设法在内部排序周围移动叶子，也不相同。这是我的脚本：

我想这与叶子的高度有关，但我只想翻转树状图......

提前致谢！

米格尔