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我正在用 graphviz 绘制图表。即使我有penwidth=0节点，我仍然看到节点边界。如何摆脱节点边界？

我在点中的注释是这样的：

在 Mathematica 8 中是否有一种简单的方法可以执行以下操作？

1. 构建一个图形，并使用一些图形布局显示它。
2. 稍微修改图形（例如添加或删除边或顶点）。
3. 从原始布局开始重新计算布局，以或多或少保留对象的“形状”。例如，从先前布局的坐标开始重新运行弹簧电动布局算法。

如果图表在两个显示之间没有改变，那么布局也不应该改变（或者只是最小的改变）。使用新的显示器Graph或GraphPlot两者都可以接受。

编辑：本质上我需要类似图形的类似布局。我总是通过修改可能已经布置好的现有图表来获得类似的图表，但任何通用解决方案都是可以接受的。

编辑2：这是这种东西有用的例子。转到http://ccl.northwestern.edu/netlogo/models/GiantComponent并单击“在浏览器中运行”（需要 Java）。单击设置，然后单击开始。您可以看到图表的演变。如果我们在 Mathematica 中这样做，那么每个连续的图看起来都会完全不同，并且很难看出它是在进化的同一个图。在一些应用程序中，能够将图形的微小变化可视化是非常有用的。但是如果做了很多连续的改变，那么重新计算布局是必须的，简单地淡化或突出边缘是不够的。再说一次，这只是一个例子：我不是想使用 Mathematica 来为图形制作动画，或者将巨型组件的出现可视化。

我在 Python 中有一个像这样的图表：

这是一个小例子。我编写的应用程序使用了大约 100 个顶点和 300 条边的图。

我想用 python 来可视化这个，最好用一个可用于 Ubuntu 的库。如果可以在 3D 可视化中移动图形，那就太好了。

到目前为止我所做的

目前我使用UBIGRAPH。可视化和交互非常好，但是我无法指定顶点的坐标：

matplot

我找到了matplotlib，但它非常大。我没有找到一个做我喜欢的例子，但我可能错过了。它可用于 Ubuntu。

VTK

与 matplot 相同的问题。如果你能给我一些工作示例，它可能是最好的解决方案。

我第一次使用 dot + GraphViz 来帮助规划图形数据库模式。

随着我添加更多节点，输出看起来不太理想。特别是，语言和国家看起来相当混乱。

我尝试了一些基本排名，但无法对其产生太大影响。

如何获得更清晰的输出？

编码：

I just found out about Flare actionscript library and was thinking of using it for a couple or projects. However I was wondering whether it's still supported at some level; I just checked the forums but all messages seem to be a bit old already...

Does anyone have any information about this?

Thanks in advance.

Cheers,

Pablo

我想创建一个如下图所示的图表......但是太复杂了。我想为每个方形节点使用单独的图像，为每个圆形节点使用相同的图像。

我想知道使用 GraphViz 是最佳选择还是有其他选择？

另外，我想知道我是否可以在 GraphViz 中为圆圈一创建一个模板节点并重用它？我不想一次又一次地指定图像、形状等属性。

我有一个用 python 编写的程序，使用模块networkx来创建动态图。这是一个平面图，其中顶点保持不变，但边会发生变化。现在我正在寻找一个允许我做两件事的库，最好是快速快速的方式：

1. 将顶点绘制为矩形内的格点，即

   

2. 能够选择边和顶点来改变它们的颜色、位置、权重等，如图所示。

谢谢

我有一张表，其中有许多实体被预测为具有给定置信度分数的其他类型的实体。前任：

我需要可视化这些数据。最好在矩阵图或映射图中。置信度得分是最重要的特征。它应该确定图表上的位置。我一直在查看 HighCharts 和其他一些 javascript 可视化库，但没有遇到非常有用的图表。任何建议，将不胜感激。

（视觉）C++ 世界。我有一个树形结构，想要可视化它。进一步来说：

我有一个树数据。我想要处理这些数据并计算每个节点的坐标（在任何逻辑坐标空间中，比如 2000x2000 逻辑像素）的库，以及连接它们的每条线。连接两个节点的线可能不是简单的直线，它可能是曲线或由直线段组成的某种路径。理想情况下，我还希望为给定的树节点的坐标计算定义路径的线，以防用户拖动并重新排列节点。

很快，我需要一个库来为给定的图形计算所有必要的几何坐标。然后我将使用这些坐标来绘制我希望的图形，使用 GDI。

我听说过 Graphviz、点语言等。但我不确定它（或它的替代品，如 OGDF 或 igraph）是否能做我想做的事。我想要完成的想法是自己渲染图形，但需要帮助生成坐标。此外，用户必须能够重新定位节点，因此必须可以重新计算连接重新排列的节点的线路路径，以便例如线路不与任何现有节点交叉。

我决定学习 DOT 语言，这看起来很棒。我决定制作一个项目来制作 RPM 构建图。我扫描所有配方以构建 RPM 包，并添加有关所需补丁和导入的信息。目前我的图有不到 500 个节点和超过 1600 条边，并且大小应该不时稳定 +/- 50-100 个节点/边。

这是我现在拥有的：

• (sfdp) http://imageshack.us/photo/my-images/638/deptree1.jpg/
• （点）[片段] http://imageshack.us/photo/my-images/52/deptree2.jpg/
• (twopi) http://imageshack.us/photo/my-images/28/deptree3.jpg/

前两个比最后一个更具可读性。

细节：

• 包裹在黑色边框的盒子里。
• 补丁位于橙色边框+橙色边缘。
• 进口在红色边框+红色边缘。
• 没有单个根包节点。我们可以说有几个顶级（根）包节点，4-10个节点包（节点），它们导入大部分包。
• 有独立的包（节点），没有依赖项，也没有依赖于它们。
• 补丁只能（大部分）由单个包节点使用。
• 并非所有包节点都有补丁。我会说一小部分包节点有它们。
• 导入文件可以包含在很大一部分包节点中（例如，所有包节点的 1/3）。
• 我有 rankdir="TB"（上下）
• 我增加了边缘的重量（包->补丁）。这应该意味着补丁节点更接近它们的包节点。
• 尽量减少覆盖节点的边数会很好。这使得图表非常不可读。

在这种情况下，对图形布局配置和算法使用有什么建议吗？