问题标签 [ggalluvial]

背景

我一直在努力创建一个冲积图（一种桑基图）ggplot，使用ggalluvial 包来可视化随时间变化的频率差异及其起源。

例如，我创建了一个包含 100 名假想患者的简单数据集，这些患者接受了 COVID-19 筛查。在基线时，所有患者的 COVID-19 均为阴性。假设 1 周后，再次对所有患者进行检测：现在，30 名患者为阳性，65 名患者为阴性，5 名结果不确定。又过了一周，30 名阳性患者仍为阳性，10 名患者由阴性转为阳性，其他患者均为阴性。

目标

目标是创建一个冲积图，以可视化这些患者随着时间的推移的“轨迹”（即冲积层），从而可视化两周后结果的来源。就像是：

试图

我设法制作了该图的主要部分：

问题

但是，我无法清楚地区分这些地层。现在，它们都彼此相邻，这导致了一个完全“填充”的矩形。

您如何使用 in 中的ggalluvial包在冲积地块中分隔地层/冲积层R？

我有一个问题，我在“更糟”类别中的小计数遇到了一些麻烦。进一步减小字体大小会降低可读性（改变垂直高度也不是我的解决方案）。有人对呈现类别有一个巧妙的想法（例如带有文本框的箭头，但是如何？）

我想为抗氧化剂的存在和无抗氧化剂与基因命中（分为三个类别，正命中，负命中和无命中）制作冲积图我为此编写了以下代码，但它给了我一个不完整表达的错误现在我我不确定可能是什么问题

这是我试图运行 代码的代码

我的数据集

我的数据集

我想要一个冲积地块

AO Present 和 Hit Class 作为我的两个轴或不确定我什至对是否使用 hit 或 hit class 作为第二轴以及关于 y 的内容感到困惑

我想在我正在创建的 ggalluvial 图中使用 geom_text。下面提供的代码按预期工作，除非性能级别之间存在 50/50 的平均分配。geom_text() 中是否有一个参数来防止文本在 geom_stratum(aes(fill = profEOY)) 上重复？简而言之，2018 年的结果看起来如预期，2019 年的结果与 50/50 的比例是有问题的。

我在 Shiny 中为 160 多个报告网站展示了这个图，所以我认为 annotate() 不会起作用。

感谢您的任何建议！

我有一个数据集，读起来像一个日志文件，显示每个用户与网站的交互。我正在尝试可视化这些数据以显示通过该站点的最常见的序列/路径（不，我无权访问 Google Analytics - 只是一个数据转储。）我已经能够将数据提炼成一种格式包含页面及其被访问的第一、第二、第三页等的次数。

我想我可能会创建一个按顺序位置分层的冲积图（使用 ggaluvial）。我已经粗略地整理了一个我想要的版本：

这是一种生成一些类似于我的结构的示例数据的方法：

但是，如果这有意义的话，我似乎无法让 ggaluvial 接受单个列作为重复层。这是我所拥有的，但没有太多可继续的：

这只是我一直在尝试的事情。如果您知道将这些信息可视化的更好方法，我会全力以赴。

先感谢您。

我有一些ggalluvial在 R 中使用的冲积地块。

下面的代码示例产生了接近我想要实现的东西。例如，

我想移动标签，使它们位于地层的左右两侧，因此它们不会与图重叠（当标签很长时，这尤其令人讨厌）。我已经看到使用ggrepel包来执行此操作的示例。

我尝试在对ifelsein 的调用中aes使用for 循环和语句geom_text_repel（根据此处的解决方案 2），但无法完全弄清楚代码。任何人都可以帮助或有更好的解决方案来实现这一目标吗？

ggrepel使用例如失败的代码示例

理想情况下，我想在 Jason Cory Brunson 的这个例子中产生类似解决方案 2的东西。

我试图弄清楚如何更改列框的比例，使它们更大，以便我可以清楚地看到名称。

是否也可以将 PIK3CA 和 ESR1 盒子分别涂成深绿色和浅橙色？太感谢了！任何帮助都非常受欢迎。

这是我的代码和我生成的情节：

我的数据：

我一直在关注这篇文章，但我不知道如何使用我的数据来管理它。

我的情节看起来像：

而且我希望“字符串”与第二列的颜色相同，即对于 ESR1，我想要橙色字符串，对于 PIK3CA，我想要绿色。关于我如何处理scale_fill_manual 或任何其他论点的任何想法？

谢谢！

我的代码：

我的数据：

我已经搜索并查看了类似（可能相同）问题的其他答案，但老实说，我没有得到相应的答案，因为我绝对不喜欢 R。

我基本上想要做的是展示所有 Arm 架构及其实现（处理器）之间的关系，以及它们关于“配置文件”的家族分组。所以我有 4 个轴：配置文件、系列、架构和处理器。

我从 Wikipedia ( https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_ARM_microarchitectures ) 中获取数据并将其输入到 excel 中以便能够将其导入 R-Studio（再次：我刚刚安装了 R 和 R-Studio 并拥有绝对没有使用这种语言和工具的经验）。我保留了“订单”，所以基本上我只是在 Excel 中复制了表格，以便能够在 R-Studio 中导入数据。

完整数据：

目前我正在使用以下命令进行绘图：

这导致一个非常“丑陋”的结果，有很多交叉，因为 R 按字母顺序排列层：

所以在我看来，最好的顺序是简单地保留输入数据的顺序。

如何归档此行为？我已经阅读了很多关于“因素”和“矿脉格式”的内容，但我不知道这一切意味着什么。

也许有人可以帮助我。

亲切的问候

我有一个包含三个分类变量的数据框：

• 分类1：“1”、“2”、“3”、“4”
• 分类2：“低”、“中”、“高”
• 生存：“1”（活着），“2”（死了）

数据框由多行组成，每个人一行。前 20 行：

我想用ggalluvialwithggplot2来建造这样的冲积地块，但我不知道怎么做！

以下代码返回错误 ( Error in FUN(X[[i]], ...) : objet 'Freq' introuvable )，因为我不知道什么是“频率”：

关于如何格式化我的数据框以适应的任何线索ggaluvial？