背景
我一直在努力创建一个冲积图(一种桑基图)ggplot
,使用ggalluvial 包来可视化随时间变化的频率差异及其起源。
例如,我创建了一个包含 100 名假想患者的简单数据集,这些患者接受了 COVID-19 筛查。在基线时,所有患者的 COVID-19 均为阴性。假设 1 周后,再次对所有患者进行检测:现在,30 名患者为阳性,65 名患者为阴性,5 名结果不确定。又过了一周,30 名阳性患者仍为阳性,10 名患者由阴性转为阳性,其他患者均为阴性。
data <- data.frame(analysis = as.factor(rep(c("time0", "time1", "time2"), each = 4)),
freq = rep(c(30, 10, 55, 5), 3),
track = rep(1:4, 3),
response = c("neg","neg","neg","neg", "pos", "neg", "neg", "inconc", "pos", "pos", "neg", "neg"))
# analysis freq track response
#1 time0 30 1 neg
#2 time0 10 2 neg
#3 time0 55 3 neg
#4 time0 5 4 neg
#5 time1 30 1 pos
#6 time1 10 2 neg
#7 time1 55 3 neg
#8 time1 5 4 inconc
#9 time2 30 1 pos
#10 time2 10 2 pos
#11 time2 55 3 neg
#12 time2 5 4 neg
目标
目标是创建一个冲积图,以可视化这些患者随着时间的推移的“轨迹”(即冲积层),从而可视化两周后结果的来源。就像是:
试图
我设法制作了该图的主要部分:
library(tidyverse)
library(ggalluvial)
ggplot(data, aes(x = analysis, stratum = response, alluvium = track, y = freq, fill = response), col = "black") +
geom_flow(stat = "alluvium") +
geom_stratum(alpha = .5) +
scale_fill_manual(values = c("grey", "green", "red"))
问题
但是,我无法清楚地区分这些地层。现在,它们都彼此相邻,这导致了一个完全“填充”的矩形。
您如何使用 in 中的ggalluvial
包在冲积地块中分隔地层/冲积层R
?