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我试图了解 glib 关于 Windows、类 Unix（不是必需的 Linux）和 OSX 的当前情况。我正在分析是否可以将 glib 用于项目，并且我将需要所有这些操作系统工作。

我正在搜索 Windows 的二进制文件，我发现的最后一个非常旧（从 2010 年到 2011 年）。这是否意味着 Gnome glib 正在放弃 Windows 支持？

我需要知道最新的 glib 是否仍然适用于所有这些平台，以及它是否至少计划在不久的将来继续。

第二个问题是为每个平台查找二进制文件的最简单途径是什么。我是否需要为每个平台交叉编译自己？还是某处有预建？如果有二进制文件，请告诉我在哪里。正如我所说，对于 Windows，我发现它们非常古老。例如，对于 OSX 是通过 brew 吗？

提前致谢，

我在 R 中有几个床文件作为 data.frame 对象。现在我想按元素找到两个精益床文件之间的重叠。

为了澄清我的问题，我需要在第一床文件（已经在数据框对象中）中逐行进行测试，因此只取数据框的一行作为查询，然后将其提供给间隔树保存的间隔树第二床文件（但需要先强制 Granges 对象）。

我的数据看起来像：

这是我的代码如何在 bed.1 中迭代一组 GRanges 对象并调用 findOverlap() 函数来查找重叠的 GRanges 的位置。这段代码没有给我想要的结果。有人帮我吗？？谢谢

我正在尝试安装 GenomeDiagram 但在我访问此站点后

https://pypi.python.org/pypi/GenomeDiagram/0.1

我什么都看不到...

我已经成功配置了一种将文件上传到我正在制作的网站的方法。但是，我们希望在网站上包含一个下拉菜单。但是，我们希望以下拉菜单的形式包含“不匹配选择”：

models.py：用于下拉菜单

下拉菜单的forms.py：

'model=Mismatches' 链接到模型中的 Mismatches 类，'field' 提供选项。

下拉菜单的views.py

"template_name = 'list.html'" 链接名为 list.html 的 html 页面。“form_class”链接到“MismatchesForm”表单。

用于下拉菜单的 html

我们使用教程作为代码的模板，但它不会显示在我们的 html 页面上，即使我们使用 {{ form.mismatch}} 引用它，它链接到在我们的表单中设置为变量 'mismatch' “模型”，因此链接到 models.py 中给出的选项。

我们想知道 html 页面是否没有看到下拉菜单，因为它在 forms.py 中设置为一个类，但我们没有在应用内 urls.py 中引用一个类（有没有办法做到这一点?)...

大家好，我正在尝试读取基因组序列并搜索出现的任何 10 个字符重复。我想到的解决方案分为三个步骤：

1. 读取基因组序列，例如：GAAAAATTTTCCCCCACCCTTTTCCCC
2. 将字符串切成十个连续的序列，例如第一个新生成的字符串是索引 0-9，下一个是 1-10,2-11,3-12...
3. 将这些序列存储在 ArrayList 中
4. 比较字符串
5. 返回重复的序列以及它们重复的频率。

我遇到的麻烦是如何从旧的和更大的字符串生成一个新的字符串。假设我的基因组序列是 AAAAGGGGGAAAATTTCCCC，那么我的前十个字符序列将是 AAAAGGGGGA，下一个将是 AAAGGGGGAA。我将如何在java中做到这一点？

这是我到目前为止所拥有的：

我想玩弄基因组数据：

鉴于上述基因组序列，我想根据这些生物体之间的相关程度创建一个树状图。我首先做的是计算每个物种的 a、c、t 和 g 的数量，然后我创建了一个数组，然后绘制了一个树状图：

物种 A 和 B 是同一生物体的变体，我希望它们都应该从根的共同进化枝分歧，物种 C 和 D 也是如此，它们应该从根的另一个共同进化枝分歧，然后物种 E 从根分歧主根，因为它与物种 A 到 D 无关。不幸的是，树状图结果与从一个共同进化枝发散的物种 A 和 E 混合在一起，然后是另一个进化枝中的物种 C、D 和 B（相当混乱）。

我读过关于基因组序列的层次聚类，但我观察到它只适用于二维系统，不幸的是我有 4 个维度，即 a、c、t 和 g。对此还有其他策略吗？谢谢您的帮助！

我有 300 GB 的文本文件，其中包含基因组数据，我想打开它。我可以使用什么文本编辑器？

另外，我想比较两个相同大小“数百GB”的基因组数据文本文件“逐行”以提取新添加的序列。足够的方法是什么？

谢谢，

我正在处理双端 BAM 文件，并提出了许多这样的警告：

我检查了 BAM 文件中的警告读取，发现所有警告读取都有三个同名读取。例如：

BAM 文件是使用 bwa 将 HiSeq 读取与参考基因组对齐，并使用 picard 去除冗余。使用 gatk 完成碱基重新排列。

我的困惑是：

1、为什么三个读同名却没有关系？

2、也许前两个被视为伴侣对，第三个被视为单读。那我可以忽略它吗？

大家可以帮帮我吗？非常感谢您的帮助！

我是学习基因组学中的出价数据工具的初学者，我不知道这个链接上的命令和错误详细信息是什么问题（它太长了，所以我不能在这里复制它）

https://egyptscholars-my.sharepoint.com/personal/asmaa_ali_egyptscholars_org/_layouts/15/guestaccess.aspx?guestaccesstoken=ltfC3N59y0NBMotKvzZQF1LKoIvIoRwaUg3SbkOAuBo%3d&docid=0aa67f1b2872e4335bc09876e1c49

我有大肠杆菌的 Illumina 配对末端读数，用于创建草稿组装 (SPAdes)。我现在的任务是创建将与 Pilon 一起使用的输入 BAM 文件——它用于改进装配草图。

我决定使用此处的文档来使用 BWA：http: //bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml#3

计划创建参考基因组的索引，创建比对，然后转换为 BAM 文件。

这是我用来索引参考的命令：

此命令输出以下文件：B055.amb B055.ann B055.bwt B055.pac B055.sa

下一步是生成对齐文件——为此我使用了以下命令：

运行第一个命令后，我收到以下输出：

最后一行让我有些恼火。有一个输出文件（B055_R1.sai），但它是空的。

我可以清楚地看到，在我的对齐命令中，没有引用以前创建的任何索引文件，但是当我查看文档时（http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtm），我看不到引用任何索引文件的选项。谷歌搜索一下，我找到了一个网站，该网站说我需要将我的参考 fasta 文件与索引文件放在同一目录中，我什至将我的草稿程序集 fasta 文件的名称从scaffolds.fasta 更改为 B055.fasta - 但是无济于事。我还解压缩了 fastq.gz 文件并将扩展名从 fastq 更改为 fq——所有这些都遇到了不成功的结果。这些可能仍然是问题，但在我看来，在最后一次 bwa aln 调用中引用索引文件是最紧迫的问题。

谁能给我指出正确的方向？我正在使用 BWA 版本：0.7.5a-r405（我还安装了最新版本（版本：0.7.12-r1039），没有任何改进），CentOS 6.7，具有 34 个内核和大量内存。

先感谢您。