我正在尝试为 oncotator 1.9.5.0 安装 ngslib python 包。但是每次安装由于某种原因失败（如下所述）。我已经尝试了所有可能的方法，例如

直接或

或者

每次我收到以下错误：

起初它开始很好，但后来在setup.py. 大部分时间在png.h文件中。

如何为 oncotator（用于注释目的的包）安装 ngslib（特别是 1.1.9）？我正在使用 oracle Linux 服务器并使用 python 2.7

谢谢。

我正在将 bioconductor 用于 WES 管道，并且正在使用 tk_choose.dir 来选择用户存储输入文件的目录（并将其存储以供进一步使用）。这里的命令行

但是这些命令行显示了一些错误，如下所示（尽管 library(tcltk)工作正常）

任何提示，我无法弄清楚是否已经安装并加载了库，那么为什么这个命令不起作用。我正在使用 R 版本 3.4.3 和 bioconductor 版本 3.2

谢谢。

是否可以多次遍历列表？基本上，我有一个字符串列表，我正在寻找最长的超字符串。列表中的每个字符串都有至少一半长度的重叠，并且它们的大小都相同。我想看看我添加到的超字符串是从列表中的每个序列开始还是结束，当我找到一个匹配项，我想将该元素添加到我的超字符串中，从列表中删除该元素，然后一次又一次地循环它，直到我的列表为空。

当我不使用最终的 elif 语句并给我正确的答案 ATTAGACCTGCCGGAATAC 时，这有效。但是，当我使用更大的字符串列表执行此操作时，我仍然会在列表中留下我希望为空的字符串。如果我只是在寻找要添加到超字符串前后的字符串（我的代码中的基因组），那么最后一个循环也是必要的。

我需要帮助创建一个程序，该程序创建一个使用字母“A”“C”“T”和“G”的随机测序基因组的文本文件。最终目标是产生大约一百万个随机测序的基因组，然后使用另一个程序搜索它们以寻找导致特定疾病的已知模式。然后我会从我的 python 代码中收集统计数据，并将它们与现实的数据进行比较。

我在 UCSC 提供的床文件中有 SNP id 和坐标。我想将它们映射到它们的基因名称。

我参考了许多建议使用 bedtools intersect、UCSC 表格浏览器等的帖子，但我无法获得成功的结果。请建议用于此特定数据的选项。

更新的问题：

我想使用 msmsTest 包来统计我的蛋白质组学数据（光谱计数类型）。

但是，使用以下命令导入文件时出现消息错误：

我认为我的问题来自上一步，当时我尝试以适当的格式生成文件，该文件应该是 ExpressionSet 文件。为此，我尝试逐步按照 ExpressionSetIntroduction 手册进行操作，这对我来说似乎没问题，但是每当我将命令“e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)”与 msmsTest 包一起使用时，我都会收到错误消息。

请帮助我，我被困了几个星期，这可能是我错过的一件非常愚蠢的事情。

您可以在此处获取示例数据集（原始数据和表型数据）： https ://www.dropbox.com/s/o9ts4k5qrnyem6d/rawdata.txt?dl=0 https://www.dropbox.com/s/3oy6n6y5hfq30ee/pdata .txt?dl=0

下面是允许我从头开始构建 ExpressionSet 文件的代码：

所以在这段代码之后，我被 msmsTest 包卡住了：

如果我们查看手动示例，我们会看到键入时没有出现的“处理信息”行myStackoverflowexample

关于这个问题的任何线索，最终能够通过统计分析处理我的文件？

非常感谢您的帮助。

最初的（以及之前的）问题：

我想试试 msmsTest 包。

但是，当我使用示例数据集尝试手册中的代码时，出现以下错误消息：

所以我被困在那里，我不能再进一步了。

我试图将我的数据集定义为.data.frame() 或 as.matrix()，但我得到了相同的错误消息。

我已经阅读了 biobase 中有关 exprs() 函数的信息：“这些通用函数访问存储在从 eSet 类派生的对象中的化验数据的表达式和错误测量值。”

但这对我没有多大帮助......我已经阅读了一些与基因组数据的类似 exprs() 问题相关的帖子，但对我来说这听起来像是“胡言乱语”。显然，我的 data.frame 的 eSet 类结构可能有问题，但我不明白这意味着什么以及如何解决它。

有谁知道如何解决这个问题以及如何继续？

提前非常感谢，

亲切的问候，

天空R

我想创建一个 MSset 文件（蛋白质组学数据，数据对应于光谱计数），但我收到错误消息并且卡住了（在阅读手册、帮助、论坛等之后）。

您可以在这里获取我的文件： https ://www.dropbox.com/sh/dw7zfgiku6cteba/AADP3U2yxB5LgXy5ykJYFf0ga?dl=0

这是我尝试过的代码：

最后一条命令返回错误消息

我已经验证了以下内容：

我还尝试使用“as.matrix()”代替“as.character()”，将“as.matrix()”用于“data”，将“as.data.frame()”用于“fdata”和“pdata”。

尺寸正确匹配，在这种情况下不是“NULL”，但它不能解决问题，因为我收到以下消息：

如果我尝试：

我尝试使用以下内容创建我的 MSnSet 文件（初始读取为.character ...）：

如果我为“data”读取文件“as.matrix”，为“fdata”和“pdata”读取文件“as.data.frame”：

所以我不知道问题出在哪里。关于如何正确创建我的 MSnSet 文件的任何想法？

非常感谢您的帮助。

天空R

我在“KAAS - KEGG Automatic Annotation Server”上启动了一个氨基酸序列查询。

然后我下载了名为“myfile.keg”的结果文件。可以在以下位置下载一个显示其外观的小示例文件：https ://www.dropbox.com/s/ixf0091z5q3cx9z/myfile.keg?dl=0

（我用记事本++打开它）

在这个文件中，您可以从 KEGG 中看到我的每个基因的不同功能类别，后者被称为“MYGENEACCESSION01”（或 -“02”、-“03”等）。

我想从第一个 file.keg 中提取所有信息并将其组织到一个新文件（例如，excel）中，如下所示：https ://www.dropbox.com/s/xq4714ngesap9dx/annotation.xlsx?dl=0

CSV 版本在这里：

我已经手动完成了，但它非常繁琐，而且我的数据集比提供的示例大得多。

有什么想法可以用 R 或其他程序自动完成吗？（你认为 R 脚本可以完成这项工作吗？）

我实际上正在使用 MaSuRCA-3.2.6 来组装我的基因组并运行休闲脚本：

然后，我得到了 asemble.sh 文件，我也运行了它，得到了以下 .out：

和.error：

有人知道这里发生了什么吗？谢谢你的帮助。

2 个 fasta 文件来自 illumina Hiseq 3000 150bp，我的物种的基因组大小约为 1.5 GB。

我试图自己实现整洁，使用原始论文但被卡住了。

假设在上一代我有以下物种：

我现在对下一代的尝试。如下：

1. 从每个物种中删除每个基因组，除了一个随机基因组。
2. 将每个基因组放入物种中/也许创建一个新基因组

3. 将该物种的分数设置为该物种中每个基因组的分数的平均值。

   4.1 通过杀死每个物种中最差的 90% 来繁殖。

   4.2 根据他们的分数选择一个物种。

   4.3 从那个物种中，选择 2 个基因组并培育一个新的基因组。

我不确定这是否是正确的尝试，尤其是当我“杀死” 90% 的基因组时。这个百分比值是我现在随机选择的（这只是概念）。

如果一个物种，在杀死之后，有 0 个成员。后来灭绝了吗？

在我给出的例子中，如果我杀死 90%，Specie 4 很可能会灭绝。

我的尝试是否正确，或者一个物种通常是如何灭绝的？