问题标签 [fdr]
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r - FDR 校正 - 从 lmer() 中提取 p 值并创建向量以用于 R 中的 p.adjust
我正在尝试对某些感兴趣的神经影像数据区域进行 FDR 校正。我总共运行了 18 个线性混合效应模型,并且我确保输出中系数的顺序在每个模型中都是相同的。
我已将每个模型的输出保存在以下内容中:
我现在正试图让我的生活更轻松,并创建一个循环,该循环遍历具有上述模型对象名称的列表,并为每个系数创建一个 p 值向量,然后我将其输入 p.adjust 函数以检索调整后的 p 值。
所以我创建了一个列表:
我尝试了以下循环:
和
所以上面应该给我一个模型系数1的p值向量。
但是,在这两种情况下我都得到一个空向量。
我知道我没有提供我的数据,但欢迎任何关于为什么这些循环可能不起作用的建议!
谢谢
fdr - FDR4.2.7 无法连接许可证服务器
我的论文需要使用 FDR4,但是当我下载 FDR4.2.7 时,我发现我无法连接到许可服务器。我还看到了 FDR 发行说明:发行说明 4.2.7 (11/05/2020) 修复了一个导致 FDR4 无法连接到许可服务器的附加问题。4.2.6 (10/05/2020) 修复了导致 FDR4 无法连接到许可服务器的问题。
我使用的是 Ubuntu 16.04 TLS,谁能发给我 FDR 版本 4.2.5 或其他可以运行演示的版本:“casper-2.1\ExamplesLibrary\Algebra\dh.csp”,我也有 FDR2 无法运行这个演示。
非常感谢。
anova - 错误发现率校正 - 确定测试次数?包括什么
假设我有三组,我在 10 个 DV 上比较它们。如果所有十个方差分析都表明总体差异显着,我将比较第 1 组与第 2 组、第 2 组与第 3 组以及第 1 组与第 3 组。如果我理解正确,为了纠正 FDR,我必须列出所有的 p 值我首先运行的测试。这是否意味着(假设所有 anova 测试都很重要)我必须订购所有 40 个测试(10 anova + 30 pairwise)?
我很困惑这是否像那样一次完成,或者如果这是有道理的,我是否应该在每个 anova “内”纠正 FDR。因此,列出 3 个测试的 p 值(对于第 1 组与第 2 组、第 2 组与第 3 组和第 1 组与第 3 组比较)并为每个 DV 执行此操作。
correlation - 与数千个变量的相关性 - FDR
我想用一个变量获得我的 15k 基因的相关值,我创建了一个循环 - 下面的脚本,但是:
- 我对 FDR p 值感兴趣,我尝试添加 adjust="fdr",但它没有做任何事情
- 呈现它的最佳方式是什么,获取顶级变量并使用 corplot?
这是我正在使用的代码:
我可以手动计算,
那是你会做的吗?
谢谢乔治
modeling - 迹等价性/双相似性
- (a→P)2(a→Q) =T a →(P2Q) (2) (a→P) 2 (a→Q) ∼ a →(P2Q)
对于任意过程 PandQ,这些陈述中哪一个是正确的?在每种情况下,要么分别证明迹等价性和双相似性,要么给出具体的反例