问题标签 [fdr]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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r - FDR 校正 - 从 lmer() 中提取 p 值并创建向量以用于 R 中的 p.adjust

我正在尝试对某些感兴趣的神经影像数据区域进行 FDR 校正。我总共运行了 18 个线性混合效应模型,并且我确保输出中系数的顺序在每个模型中都是相同的。

我已将每个模型的输出保存在以下内容中:

我现在正试图让我的生活更轻松,并创建一个循环,该循环遍历具有上述模型对象名称的列表,并为每个系数创建一个 p 值向量,然后我将其输入 p.adjust 函数以检索调整后的 p 值。

所以我创建了一个列表:

我尝试了以下循环:

所以上面应该给我一个模型系数1的p值向量。

但是,在这两种情况下我都得到一个空向量。

我知道我没有提供我的数据,但欢迎任何关于为什么这些循环可能不起作用的建议!

谢谢

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fdr - FDR4.2.7 无法连接许可证服务器

我的论文需要使用 FDR4,但是当我下载 FDR4.2.7 时,我发现我无法连接到许可服务器。我还看到了 FDR 发行说明:发行说明 4.2.7 (11/05/2020) 修复了一个导致 FDR4 无法连接到许可服务器的附加问题。4.2.6 (10/05/2020) 修复了导致 FDR4 无法连接到许可服务器的问题。

我使用的是 Ubuntu 16.04 TLS,谁能发给我 FDR 版本 4.2.5 或其他可以运行演示的版本:“casper-2.1\ExamplesLibrary\Algebra\dh.csp”,我也有 FDR2 无法运行这个演示。

非常感谢。

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r - 给定分布 A 和空分布,如何找到对应于 FDR=0.05 的值?

我有两个相关向量:一个表示真实相关,另一个表示置换相关(零分布)。我想找到对应于 0.05 的 FDR 的相关值。

更新的方法

在此处输入图像描述

然后,要找到对应于 FDR = 0.05 的相关值,我的猜测是:

这是正确的方法吗?


例如:

实数 = 蓝色,空值 = 红色

我认为这是两个直方图的频率之比 = 0.05(空值:实数),但我对此不是 100% 确定的。

我如何找到对应于 FDR = 0.05 的相关值,同时“访问”空分布和实分布?

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anova - 错误发现率校正 - 确定测试次数?包括什么

假设我有三组,我在 10 个 DV 上比较它们。如果所有十个方差分析都表明总体差异显着,我将比较第 1 组与第 2 组、第 2 组与第 3 组以及第 1 组与第 3 组。如果我理解正确,为了纠正 FDR,我必须列出所有的 p 值我首先运行的测试。这是否意味着(假设所有 anova 测试都很重要)我必须订购所有 40 个测试(10 anova + 30 pairwise)?

我很困惑这是否像那样一次完成,或者如果这是有道理的,我是否应该在每个 anova “内”纠正 FDR。因此,列出 3 个测试的 p 值(对于第 1 组与第 2 组、第 2 组与第 3 组和第 1 组与第 3 组比较)并为每个 DV 执行此操作。

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correlation - 与数千个变量的相关性 - FDR

我想用一个变量获得我的 15k 基因的相关值,我创建了一个循环 - 下面的脚本,但是:

  1. 我对 FDR p 值感兴趣,我尝试添加 adjust="fdr",但它没有做任何事情
  2. 呈现它的最佳方式是什么,获取顶级变量并使用 corplot?

这是我正在使用的代码:

我可以手动计算,

那是你会做的吗?

谢谢乔治

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modeling - 迹等价性/双相似性

  1. (a→P)2(a→Q) =T a →(P2Q) (2) (a→P) 2 (a→Q) ∼ a →(P2Q)

对于任意过程 PandQ,这些陈述中哪一个是正确的?在每种情况下,要么分别证明迹等价性和双相似性,要么给出具体的反例