问题标签 [data.tree]

第一篇文章，希望我记得包含所有内容并使用正确的术语！

不久前，我使用 data.tree 创建了一个图表，显示了一群动物之间的关系。除了动物名称之外，该图表还包括信息，例如它在牛群中的排名。这是输出的示例。

我现在正试图把它变成一个闪亮的应用程序，这样你就可以从下拉列表中选择一种动物来显示它的家庭。我已经成功地完成了这项工作，但是，这棵树缺少有关动物的样式和其他信息。这是一个与前一个进行比较的示例，没有任何样式。

这是原始 R 脚本中产生所需格式的代码。

在闪亮的应用程序 TreeInfo 和 TreeInfo2 是反应性的（由从下拉列表中选择的动物确定，大约 3000 只动物）所以我知道我需要将它们更改为 TreeInfo2()。但是，它不会让我在代码的函数部分输入这个，即 function(TreeInfo2()) 给出一个错误，说它期望 RPAREN。除此之外，我已经尝试了下面代码的许多不同组合，但我不确定在哪里，但这些reactive({})位 - 我只知道它需要它们，否则它不会运行。

即使将它简化SetGraphStyle到从垂直变为水平的最后一步似乎也没有效果，这让我想知道我是否把这个块放在了正确的位置，也许“样式”代码应该放在其他地方，例如在 Shiny 服务器的输出部分，目前是这样的：

任何帮助将不胜感激。谢谢！

我data.tree在 R 中使用包，我有一棵像下面这样的树，其中只有叶节点有标签。我正在尝试分配作为后代列表的属性（我们可以假设树总是分叉的）。

所以我正在寻找的是这样的东西，除了节点4属性应该是(A,B)它所说的地方5。

因此，我不仅需要子节点名称，还需要它以递归方式将后代名称保存为列表并在从提示到根时分配它们。

大图：我最终需要遍历树并将这些列表传递给另一个函数doSomething( group1 = "C", group2 = c("A","B") )，即将该函数的输出保存为内部节点的属性。

我得到的最接近的是这个递归函数，但它给出与上面相同的输出

编辑：这是我要做的工作，但它不能推广到没有分叉的树。

我有带有计算机设备和卷层次结构的数据框。我需要绘制一个看起来有点像这样的情节：

这是我的示例数据代码：

我的结果：

现在我需要：

1. 只保留带有虚拟磁盘的节点作为最后一点 - 所以我需要在最后一步中过滤掉所有没有“VIRTUAL_DISK”的节点。
2. 以可读格式绘制此树，在此图中显示友好名称（而不是 ID） - 我不能只用树中的友好名称替换 ID，因为友好名称中有很多克隆。

任何帮助都会得到帮助。

我有这种类型的数据

我想把它变成一个 shinyTree 并在所有节点被选中（并关闭）的情况下渲染它

这是我的尝试

树渲染得很好

• 有没有更好的方法从我拥有的数据结构中获取树？
• 如何像这样选择并关闭所有节点来渲染树？

是否Shiny只能检测常见的 R 对象？如果是，它可以观察到什么物体？
例如，我尝试了许多选项都没有成功检测到data.tree闪亮的变化。
有谁知道为什么会这样？

我正在尝试在类似树状图的图中绘制树格式的数据。这些数据来自随着时间的推移对细胞分裂的测量，这正是我想要展示的方式。

经过大量数据争论后，我发现自己至少能够以 data.tree 包接受的方式格式化我的数据。也许我应该选择 ape 包格式，但那些“phylo”对象与 stats::as.dendrogram 不兼容。无论如何，这是数据的示例：

数据树结构

现在，我想将这些数据绘制为类似树状图的结构。方便的是，data.tree 可以简单地传递给 stats::as.dendrogram()，但它看起来不太正确：

树状图

幸运的是，这种奇怪的行为可以通过定义分支应该连接到所有孩子的中心来解决：

固定树状图

这看起来很棒！为了更好地控制绘图参数（并为叶子上的点添加例如美学），我将其转换为 ggdendro 对象：

ggdendro 情节

如您所见，在 ggdendro 图没有 center = TRUE 的情况下也会出现同样的问题。但是，无论我尝试什么，我似乎都找不到将正确的树状图数据提供给 ggdendro 包的方法。

有人熟悉帮助我的方法吗？

提前致谢！

我正在使用 data.tree 包来创建一些树。

我想把这两个图表放在一个网格中。但由于它们不是ggplot对象（并且我无法通过 转换它们ggplotify），因此我失败了：

cowplot
par(mfrow)

我也咨询了这个答案：将不同的 grViz 组合到一个图中，但是我的树是通过复杂的循环生成的，所以我无法在 digraph box_and_circles 调用中生成它们。有任何想法吗？

我想将数据框转换为 Newick 格式。我试图遵循 data.tree 包中的小插图，但我在输出中得到错误的分支长度，尽管树的形状是正确的。这是我到目前为止所尝试的：

输入表

输出

“(2:-1,3:-5,(6:8)4:-9,5:-10)1;”

它应该是“（2：1,3：5，（6：1）4：9,5：10）1；” 反而。

你知道如何处理这个问题吗？预先感谢您的帮助 ！

我正在尝试在 R 中使用data.tree. 我对使用树结构真的很陌生。具体来说，我一直在关注本教程：https ://cran.r-project.org/web/packages/data.tree/vignettes/data.tree.html#trees-in-data.tree 。但是，当我转换为节点时，引用每个叶子的变量似乎是 NA。具体来说，我的代码是：

这给了我：

虽然我希望每个 ID 旁边都有各自的性别值。有什么想法可能是错的吗？