问题标签 [contingency]

I have a vector like this :

Now when I use table function, it gives the following:

But I want to make a 2x2 contingency table (in the form of a matrix), where the first row will have values of HnRn and HyRn. And the second row will have values of HnRy and HyRy. How can I do it?

I am ultimately planning to do fisher's exact test and chisquare test.

我有一个由 py​​thon 语言制作的 csv 格式的列联表，如下所示：

现在我想从这个列联表中派生 2x2 列联表来使用 R 计算卡方值

我如何从上面的列联表中得出如下所示的 2x2 表：

这可能是一个新手问题，但我是 R 新手，我在其他任何地方都找不到解决方案

我有一系列包含列联表的 excel 文件，如下所示：

当我使用“gdata”库使用此命令读取此文件时，它给出了下表，该表不再是列联表：

我想对这些数据进行 Fisher 测试，如何将这个 data.frame 数据重塑为列联表格式？

如果这是一个非常幼稚的问题，我深表歉意......

我有 7000 个带有计数数据的 2x4 列联表。它们代表基因组中的特定位置以及在 2 个不同环境中在该位置观察到每个 dna 核苷酸的次数。一个示例列联表将是

数据只能是正整数。最小计数为 0，最大可高达 ~800,000。一个计数通常是该行和该列的几乎所有总计数（例如，在两种情况下都相同，例如上面第一种情况中的单元格 T 和第二种情况中的单元格 A），然后 1 或 2 个其他单元格将具有低计数......应该在这些其他单元格中观察到差异（如果有的话）。

目标是确定这两种环境条件之间显着不同的位置，以进一步分析。我们的测量方法估计有10^-6的错误率。

我正在使用 R 来分析这些数据。我不确定我是否可以对此进行卡方检验，因为单元格的计数很小或为 0。通过 Fisher 的测试，我得到 2 个错误：

任何人都可以建议一个适当的测试，或者为渔夫或卡方设置吗？

提前谢谢了，

罗恩

我正在尝试使用 JMP 制作马赛克图，其中数据已经采用频率形式。我会知道如何制作一个马赛克图，其中频率由我的数据中出现的次数给出，而不是在直接指示频率时。

例如考虑以下数据。有三个变量 Smoke (Y/N)、Cancer(Y/N) 和 NbInds（落入此桶的人数）。以下是一些值示例，其中，smoke,NoCancer,n 表示我们观察到有 $n$ 个人吸烟但没有患癌症。这是我编造的数据：

例如，这意味着有 8 个人不吸烟并且患有癌症。

我应该如何在 JMP 中输入这些数据（在三列中？），然后如何用它们制作马赛克图？

I specifically started to think in this problem trying to get the values form a vector that were not repeated. unique is not good (up to what I could collect from the documentation) because it gives you repeated elements, but only once. duplicated has the same problem since it gives you FALSE the first time it finds a value that is duplicated. This was my workaround

The following is a more general approach

which we can generalize to other value than 1. But I find this solution a bit clumsy, transforming strings to numbers. Is there a better or more straightforward way to get this vector?

让我通过一个简化的例子来描述我的问题

我有一个应急表

这里，m=3,n=2 这是一个 (m+1)x(n+1)=4x3 表。现在，我想要一个新的 mxn 数组，其中第 ij 个入口是估计数据表 [i,j] 的置信区间（如果你愿意的话，是一个大小为 2 的列表）。下面是一个函数，它根据参数 a<-datatable[i,j] 和 b<-datatable[i,n+1] 计算估计 datatable[i,j] 的区间

我希望它不会太乱，我想不出一个更简单的例子。

我如何以优雅的方式创建这样的表格？在实际示例中，这是一个应该采用任意列联表并返回相应 CI 表的函数。

我已经找到了一种方法，分别在 i 上使用双循环。j，但它真的闻起来像可以使用 mapply/outer 或类似的优雅方式完成的事情。

在 C 中，最简单的方法是使用二维数组。哈斯克尔呢？列表列表似乎不是一个优雅的解决方案。你有什么建议？

我有这种xtabs对象：

这使：

我想将 和 的两个值（Var1例如Var2“A”和“B”）合并为一个新值“D”，以保持权变矩阵属性。

所以结果将是示例：

我正在尝试创建一个表，其中包含来自中心超几何分布的随机条目，其中列和行总计是固定的。

但是，我可以让列总和固定且相等，但不能让行总和。我已经阅读了其他答案，但似乎没有人专门谈论如何做到这一点，我的 R 知识非常基础，可以在一些帮助或正确方向的帮助下完成。

为了从中心超几何分布中获取值，我使用了这个BiasedUrn包。

例如：

我希望保持所有列总和等于 25，并且所有行总和等于另一个我可以选择的数字，例如 50。