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我有一系列包含列联表的 excel 文件,如下所示:

         cns random
H3k       12  682
Not_H3k  343  30222

当我使用“gdata”库使用此命令读取此文件时,它给出了下表,该表不再是列联表:

random <- read.xls ("analysis.xlsx", sheet = 1, header = TRUE)

              X    cns   random
        1     UTR  12    682
        2 Not_UTR 343  30222

我想对这些数据进行 Fisher 测试,如何将这个 data.frame 数据重塑为列联表格式?

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read.xls 允许 read.table 的任何参数。具体来说,您可以指定包含行名的列的编号。所以你可以使用

random <- read.xls ("analysis.xlsx", sheet = 1, header = TRUE, row.names=1)

并继续测试

于 2014-08-18T04:19:42.463 回答
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您可以将 Fisher 测试与您拥有的数据框一起使用:

random = structure(list(X = structure(c(2L, 1L), .Label = c("Not_UTR", 
"UTR"), class = "factor"), cns = c(12L, 343L), random = c(682L, 
30222L)), .Names = c("X", "cns", "random"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-2L))

random
        X cns random
1     UTR  12    682
2 Not_UTR 343  30222

fisher.test(random[,-1])

        Fisher's Exact Test for Count Data

data:  ddf[, -1] 
p-value = 0.1433
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1 
95 percent confidence interval:
 0.7892877 2.7613943 
sample estimates:
odds ratio 
  1.550284 
于 2014-08-18T05:46:02.183 回答