问题标签 [complexheatmap]

嗨，我正在尝试在 HEATMAP 上显示 df 的数字

我有这个 df

我尝试使用以下脚本制作热图

我有这个没有 layer_fun 部分的热图，没有单元格上的数字 https://i.stack.imgur.com/0AMoV.png

问题出在 layer_fun 部分

它给了我

我试着用

结果是

也试过

并给了我

没有数字

如果有人可以帮助我，我将不胜感激。谢谢

我想在 P 值 < 0.05 的热图中加上星号。我有一个单独的电子表格，其中包含我读入 R 的 P 值以及随后的热图，但是，我正在使用的函数似乎没有将星号放在正确的单元格中。例如，在下图中，没有附加到 rho = 0 单元格的 P 值，但那里放置了星号。

电子表格如下所示。对于所有不适用的 P 值，我输入“1”以避免错误。如果在修复星号位置之外有更好的方法来做到这一点，请告诉我。

我正在使用的代码如下：

我认为函数根据电子表格中的 P < 0.05 输入星号，但输入似乎没有正确放置。

这里的第一个问题！我在 R 中制作了一个调色板：

my_pal <- colorRampPalette( c("darkolivegreen", carto_pal(7, "ArmyRose"), "palevioletred3") )

我用这个heatmap.2()函数绘制了一个热图，使用我的调色板函数生成 825 种颜色col = my_pal(825)。但是，由 生成的图例键heatmap.2()不符合我的口味，我想生成一个自定义图例来代表 Z 分数。我遇到了ComplexHeatmap手册并成功绘制了一个从-2到2值的图例：

从这里可以看出： 从 -2 到 +2 的图例

但是，我无法生成相同的图例，其值范围为 -3 到 3，因为四肢四舍五入为偶数（-4 到 +4）。我试过：

但结果如下： 从 -3 到 +3 的图例被绘制为 -4 到 +4

我还尝试手动指定要在图例中显示的数字：

col_fun = colorRamp2( c(-3, -1.5, 0, 1.5, 3), pal(825)[seq(1,825, by=825/5)] )

和

col_fun = colorRamp2( c(-3, -2, -1, 0, 1, 2, 3), pal(825)[seq(1,825, by=825/7)] )

但是结果与第二个链接中的结果相同。有没有办法绘制从-3到+3的图例，其中-3对应于我的pal(825)[1]颜色，+3对应于那个pal(825)[825]？

谢谢！

尊敬的长者/会员，

我有一组基因，想使用以下数据集使用热图执行分层聚类。我刚刚获取了我的数据集的一部分。

行是基因，列是样本ID，目的是根据每个基因的归一化计数进行聚类，以检查它们是否是不同剂量辐射的组样本簇。我已将 pheatmap 与以下代码夹头一起使用。

这是表型表

我得到的输出和附件中的图片一样好 (heatmap1) 。

我想使用附件中的图片（热图和 Heatmap2）中的复杂热图来完善我的热图，但不是那么复杂。主要是我喜欢他们的配色方案。是否有任何成员可以指导我如何将我的 pheatmap 转换为与我附加的示例具有相似颜色的复杂热图（注意：我从 Biostar 得到这个，作者也提供了教程，但我无法让它与我的数据）。我想获得一个输出，就像我从 pheatmap 中获得的输出一样，它通过注释处理和行是基因对 clumn 进行聚类，但是通过带有类似颜色的示例的 complexheatmap 来完成。

很抱歉这个问题很长，希望您能提供帮助。

亲切的问候，

合成

当我在我的数据代码上运行 oncoprint 函数时，我看到以下警告（尽管它仍然会生成 oncoprint，但我无法判断是否有任何问题）：

1：您cell_fun为超过 100 行或列的热图定义，绘制可能非常慢。考虑使用矢量化版本layer_fun。2：列注释“分子”中的值具有与矩阵列名称不同的名称顺序。这可能会导致对您的数据的错误结论。请仔细检查。（警告 #2 ^ 适用于我使用的每一个列注释（例如：性别、年龄等））

cell_fun 参数在哪里？我没有传递一个名为 cell_fun 的参数，所以我假设它是 oncoprint() 使用的某个函数的参数。layer_fun 与 cell_fun 有何不同？我将如何创建此变量并将其传递给 oncoprint 函数？

至于警告 2，我尝试搜索论坛和（我认为）github 源代码，但无法理解这意味着什么或如何修复它。目前，我正在测试整个数据集的子集，因为它需要很长时间才能运行。因此，在我的数据子集中，并不是所有类型的分子诊断——这就是为什么会出现这个警告吗？因为注释列的诊断比在我的数据子集中看到的要多？这能解释我所有的警告，比如警告 2 吗？

我试图用玩具数据/数据的子集制作一个可重复的样本，但是当我运行它时，我再也看不到警告了！如果不向某人发送数据文件以自行尝试，我不知道该怎么办。

这是我正在运行的行：

我正在使用 ComplexHeatmap 中的 oncoprint() 函数，并且一直看到此警告：

“您cell_fun为超过 100 行或列的热图定义，绘制起来可能非常慢。考虑使用矢量化版本 layer_fun。”

根据作者的指南，cell_fun 和 layer_fun 与同一包中的 Heatmap() 函数相关（章节链接）。该指南没有提及关于 oncoprint() 的 layer_fun。

我浏览了 github，我看到当输入矩阵大于 100x100 时会发生此错误。我看到 layer_fun 也以某种方式参与了 oncoprint() 函数，但我不明白它是如何参与的文档在 oncoprint 中提到 layer_fun。显然，它与图形表示“函数列表”变量 alter_fun 相关联。

我不明白在 oncoprint() 函数中 alter_fun 和 layer_fun 是如何相互关联的。但是，我使用了热图注释（参见变量 ha_all）——这是否会导致 layer_fun 警告（我不这么认为）。

以下是我的问题：矢量化 alter_fun 是什么意思，我该怎么做？layer_fun 与这一切有关吗？将来，我的输入矩阵会更大，所以为了速度，我需要对这些变量进行向量化。

我正在构建一个大型热图并添加了行注释。这个特定的注释必须在热图的左侧，但是当我添加标签时，段/链接朝向错误的方向。有人可以帮我弄清楚如何将片段翻转到标签和注释之间吗？

可重现的例子：

这是结果图：

我只是想将最左边的段移动到字母和注释框之间。

谢谢！

我有一个具有 1 或 0 值的数据框，并绘制了一个热图和一个树状图。

链接：https ://drive.google.com/file/d/1lHJ8UNRGG8tfxux6kT_QSPSe_elduZ9g/view?usp=sharing

用于绘制树状图的 R 脚本是

输出是

我认为这种聚类是错误的，因为它有空格，尽管可以通过再次仅对列进行排序来填充空间。

它必须是这样的

（我用 Illustrator 手动排序了列顺序）

我该怎么做才能对列进行聚类？

我有一个计数数据矩阵，我想使用离散图例显示，即使我的转换数据 (log(data+1)) 是连续的。我尝试使用这行代码 ( lgd = Legend(at = 1:6, legend_gp = gpar(fill = 1:6)))，但 R 返回一个“未使用”的参数。

我在 R 中有一个矩阵 - 为了保存在这个问题中粘贴它的代码，我把它粘贴在这里：https ://justpaste.it/1lv7q

这将创建一个矩阵，mat。

如上所示，范围在 -4 到 7.5 左右。但是，当我ComplexHeatmap::Heatmap将其转换为热图时，比例不匹配 - 范围从 -4 到 4。为什么会发生这种情况？