问题标签 [complexheatmap]

嗨，我正在使用 ComplexHeatmap 包并遵循他们的小插图，但是由于某种原因，我似乎无法强迫图例变为水平。所以例如这里是一个例子，

所以尽管添加了legend_direction = "horizontal"我仍然在这里得到这个，

我正在使用包中的UpSet函数，ComplexHeatmap并且正在尝试向图形添加注释。在非常好的操作方法中，他们描述了在条形旁边绘制计数的额外步骤，并且他们还解释了为什么他们分开这个函数。

因此，文档中的最小示例如下所示（这是我能找到的最小示例）：

使用最后一个函数decorate_annotation，我们将数字添加到已经绘制的图中，一切都很好。

但是，当我想比较例如 5 个地块并通过%v%垂直连接它们时，如何将它们添加decorate_annotation到所有地块？这里的示例代码：

有人已经给它添加了注释吗？

我在 R 中使用 Complexheatmap 函数（或“热图”），想知道是否有办法使用 Bray-Curtis 方法计算列/行距离（使用 ward.D2 聚类方法），因为它不是受支持的方法在复杂热图中。不幸的是，我需要使用这个函数而不是 heatmap.2 和 pheatmap。

这是一些虚构的鱼类数量数据（我的实际数据有 47 个站点（行）和 32 个季节，但我不确定如何在这里重新创建）：

我制作了这个情节library(ComplexHeatmap)

我希望Z-score在底部位置，而右侧显示类别变量。这篇文章rowAnnotation很接近，但我无法使用下面的脚本让它工作。

预期产出

有了这些数据：

并使用这个脚本

我正在努力修改从底部到顶部的行注释标签。

函数anno_text具有参数show_name = FALSE。但是，它没有参数端（或 name_side）。因此，注释标签总是放在列的底部。

有人知道如何改变吗？我想在顶部进行注释。

所以我正在尝试使用ComplexHeatmap 包创建一个热图，我的数据有第一列作为物种名称，例如“志贺氏菌”，接下来的 8 列以它们的样本 id 为标题表示每个物种被观察了多少次（作为一个数值) 在样本中。

要创建热图，我需要一个数字矩阵，所以我得到它 my_matrix <- as.matrix(my_data[,c(2:9)])，获取除第一个包含字符值的列之外的所有列，然后我将物种名称存储为单独的数据框 species_name <- as.data.frame(my_data$species_name)，然后我要做的是分配通过使用函数将物种名称返回到其相应的行以在热图中显示rownames，但显然这不起作用。简单的示例如下所示：

我没有收到任何警告或错误，热图出现在绘图部分中，但仍然没有像下图那样分配行名，最后我的问题是如何正确分配它们？

我希望我的物种名称显示为行名称，例如“志贺氏菌”而不是“第 1 行”，“沙门氏菌”而不是“第 2 行”等。

这是我用过的代码。

我可以改变 X 轴的大小，但不能从 Y 轴改变。谢谢。

我目前正在开发一个应用程序，该应用程序使用 ComplexHeatmap 和 InteractiveComplexHeatmap 包来显示热图，然后允许用户刷并创建新的热图。热图使用 k-means 进行聚类，如果用户刷过两个集群（跨越集群之间的间隙），则只有一个集群中的行将显示在子热图中。下面的代码演示了这个问题。

有谁知道如何解决这个问题？

我对树构建相当陌生，但到目前为止我确实喜欢使用 ComplexHeatmap。现在我想知道是否有一种简单的方法可以确保它生成的树实际上最适合我的数据。有没有办法包括最大似然估计是这个过程？

目前，我的代码相当简单：

非常感谢您的建议

我有一些我不理解的行为。

代码：

如果放大很多，您会发现它几乎可以工作，来自 z_text 的文本位于第一列和最后一列（MN908947.3 和警告）的正确位置，但不是中间列（2361 到 2376）

如果您重置轴，您可以看到缺少的 z_text 标签集中在最右边：

我无法为我的生活找出原因。

非常感谢任何帮助！