问题标签 [bioservices]

我尝试过 BioPython SeqIO 和其他解析器，但找不到任何好的工具来解析 DAT 文件。

我试过这个，但他们没有提供任何基因注释

他们主要谈论输入 FASTA 而不是 DAT 文件。

我想检索给定 KEGG 化合物的 InChI 表示，但我找不到直接的解决方案。

可以像这样通过 ChEBI 做到这一点：

这将打印

有没有不需要通过的直接方式ChEBI？

我想使用InChI作为输入从多个数据库中检索 ID，例如

可以为此使用unichem from bioservices，但是，这些功能都需要InChIKey作为输入，例如

是否可以使用将两者相互转换bioservices，如果没有，是否可以以某种方式使用unichemwithInChI而不是in 中的函数InChIKey？

我试过了：

但是，效果很好，

不起作用并返回400。

Let's say I want to map a KEGG ID to a ChEBI ID using bioservices, I can do:

This will return

meaning that there are two ChEBI IDs associated with the KEGG compound (KEGG entry C00033).

An alternative - if one has to do a lot of mappings - is to use the built-in converter like this:

This will print

So for the same compound, only one ID is returned although there are two assicated with this compound. Is there a way to retrieve both of them?

我正在尝试在 Windows 10 Enterprise 上开始使用 Python 3.6，但每当我尝试使用 pip 安装必要的软件包时，我总是会遇到类似的 SSL 错误。

pip install requests 给出以下错误：

对于我尝试安装的所有 pip 包，我得到了类似的“重试”模式和失败错误。我尝试做“easy_install bioservices”，我得到了：

...

然后尝试做 pip install bioservices 给了我：

已满足要求：c:\users...\python\python36-32\lib\site-packages\bioservices-1.5.2-py3.6.egg 中的 bioservices 收集 grequests（来自 bioservices）重试（重试（总计 = 4 , connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) 在连接被 'SSLError(SSLError(1, '[SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] 证书验证失败 (_ssl.c:833)'),)' 中断后：/简单/grequests/
连接被 'SSLError(SSLError(1, '[SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] 证书验证失败 (_ssl.c: 833)'),)': /simple/grequests/ 重试 (Retry(total=2, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) 连接被'SSLError(SSLError(1,' [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] 证书验证失败 (_ssl.c:833)'),)': /simple/grequests/
连接被 'SSLError(SSLError(1, '[SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] 证书验证失败 (_ssl.c: 833)'),)': /simple/grequests/ 重试 (Retry(total=0, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) 在连接被'SSLError(SSLError(1,' [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] 证书验证失败 (_ssl.c:833)'),)': /simple/grequests/
无法获取 URL https://pypi.python.org/simple/grequests/: 确认 ssl 证书时出现问题: HTTPSConnectionPool(host='pypi.python.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/grequests/ (Caused by SSLError(SSLError(1, '[SSL : CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] 证书验证失败 (_ssl.c:833)'),)) - 跳过找不到满足 grequests 要求的版本（来自 bioservices）（来自版本：）没有为 grequests 找到匹配的分布（来自 bioservices）

我不知道如何解决这个问题。我正在使用 python 3.6.5 和 pip 9.0.3。我试过浏览许多不同的堆栈溢出问题和其他论坛，但都没有运气

我发现自己对以下错误感到有些困惑

返回错误：

ExpatError Traceback（最近一次通话最后一次）在 6oboxml = urlopen(' http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0003723&format=oboxml ') 7obo_dict =oboxml.read() -- --> 8 obo_dict_parse = xmltodict.parse(obo_dict)

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/xmltodict.py in parse(xml_input, encoding, expat, process_namespaces, namespace_separator, disable_entities, **kwargs) 328 parser.ParseFile(xml_input) 329 else: --> 330 parser.Parse(xml_input, True) 331 返回 handler.item 332

ExpatError：语法错误：第 1 行，第 0 列

正在返回 xml 文件，因此它不为空。但我不确定为什么 xml 解析器会不高兴，特别是因为我正在关注一个教程笔记本*。我正在使用 xmltodict 0.11.0-py36_1，通过 anaconda 安装和更新。

非常感谢任何指针

*以下笔记本：goatools https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-3743-1_16

我是使用bioservicesPython 包的新手。现在我将使用它来检索两个引用的 PMID，给定指定的信息，这是我尝试过的代码：

但是会出现错误：

“TypeError：ECitMatch() 获得了参数‘bdata’的多个值”。

谁能帮我解决这个问题？

我有一个我想在 KEGG PATHWAY 地图中突出显示的酶列表（EC 编号，代码中的“df”）。我想制作一个自动保存突出显示的地图的python脚本。到目前为止，我只能制作手动下载它们的网址：

有任何想法吗？

我正在尝试使用 idrac.config_mgr 方法并且已经在 python 中导入了 OMSDK 模块。但是 omsdk 无法识别 idrac.config。任何想法？

好的，所以基本上我使用 bioservices 包从在线数据库中提取了大量值。如果使用 pandas 将这个字符串列表转换为数据框，然后我可以进一步格式化，我想要做什么。

这是我从在线数据库中提取的值列表，我想将其转换为 pandas 数据帧