我有一个我想在 KEGG PATHWAY 地图中突出显示的酶列表(EC 编号,代码中的“df”)。我想制作一个自动保存突出显示的地图的python脚本。到目前为止,我只能制作手动下载它们的网址:
from bioservices import KEGG
import webbrowser
s = KEGG()
def mapping(df, map_list):
for map in map_list:
names = ""
to_parse = s.get("ec"+map)
parsed = s.parse(to_parse)
for ECs in df["EC_numbers"]:
if str(ECs) in parsed["ENZYME"]:
names=names+"+EC:"+str(ECs)
url = "https://www.genome.jp/pathway/map"+map+names
s.logging.info(url)
webbrowser.open(url)
map_list_example = ["00520", "00010", "00020"]
有任何想法吗?