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我想检索给定 KEGG 化合物的 InChI 表示，但我找不到直接的解决方案。

可以像这样通过 ChEBI 做到这一点：

from bioservices import *

kegg_con = KEGG()

kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00047'))

chebi_con = ChEBI()

chebi_entry = chebi_con.getCompleteEntity('CHEBI:' + kegg_entry['DBLINKS']['ChEBI'])

print chebi_entry.smiles
print chebi_entry.inchi
print chebi_entry.inchiKey

这将打印

NCCCC[C@H](N)C(O)=O
InChI=1S/C6H14N2O2/c7-4-2-1-3-5(8)6(9)10/h5H,1-4,7-8H2,(H,9,10)/t5-/m0/s1
KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N

有没有不需要通过的直接方式ChEBI？

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我不知道 KEGG 服务中允许您直接执行此操作的功能。我相信您的解决方案（使用例如 ChEBI）是一个正确的解决方案。您可能还有其他有用的服务，例如 unichem、chemspider（尽管您需要登录）也可以提供帮助。（免责声明：我是生物服务的主要作者）

于 2017-10-25T09:15:00.770 回答