问题标签 [bigstatsr]

我有独立和依赖的数据集。我想测试因变量和自变量之间所有可能的关系。在我之前的帖子（如何使用带有多个参数的 mapply 复制函数来计算方法的功效？）中，我想使用仿真数据进行功效分析。现在，我想使用相同的功能分析真实数据。问题是test_function需要更多时间，因为我的数据集很大（每个数据集的维度大于 10000 X 40000）。另外，我想使用并行计算来加快计算速度。我发现bigstatsr包（https://privefl.github.io/bigstatsr/index.html）可以处理太大而无法放入内存的矩阵。此外，我想避免expand.grid因为它对于大数据的计算成本也很高。我没有找到任何可以使用 bigstatsr 包同时使用两个数据集并并行估计参数的帖子。数据集示例和代码如下：

编辑： 我想应用我提出的方法来估计参数并将结果与​​ lm方法进行比较。我提出的方法如下：

如何应用 bigstatsr 并并行计算此函数以获取输出？非常感谢您的努力和帮助。

我正在使用包含在 bigsnpr 中的 LDpred2 来使用我自己的一组遗传数据计算多基因分数。我按照在 Github ( https://privefl.github.io/bigsnpr/articles/LDpred2.html ) 上的 LDpred2 在线教程中找到的步骤来使用自动模型snp_ldpred2_auto。我无法执行该行：

我怀疑发生这种情况是因为矩阵不适合相互乘法，因为 G （FBM 矩阵）中的列数与 beta_auto （公共矩阵）中的行数不同。我打算从中过滤掉变体 (SNP) G ，使 中的变体 G 数量等于 中的变体数量beta_auto 。我以前从未使用过 FBM.code256 类的矩阵，也不知道如何实现这个子集。非常感谢您的指导。