我正在使用包含在 bigsnpr 中的 LDpred2 来使用我自己的一组遗传数据计算多基因分数。我按照在 Github ( https://privefl.github.io/bigsnpr/articles/LDpred2.html ) 上的 LDpred2 在线教程中找到的步骤来使用自动模型snp_ldpred2_auto。我无法执行该行：
pred_auto <- big_prodMat(G, beta_auto, ind.row = ind.test, ind.col = df_beta[["_NUM_ID_"]])
我怀疑发生这种情况是因为矩阵不适合相互乘法，因为 G （FBM 矩阵）中的列数与 beta_auto （公共矩阵）中的行数不同。我打算从中过滤掉变体 (SNP) G ，使 中的变体 G 数量等于 中的变体数量beta_auto 。我以前从未使用过 FBM.code256 类的矩阵，也不知道如何实现这个子集。非常感谢您的指导。