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在 Mathematica 中，我希望将图像传递给 ImageJ 插件，并将结果从 ImageJ 发送到 Mathematica。

JLink 是有用的工具，但我既不熟悉它也不熟悉 ImageJ（很难利用现有的 SO 相关问题）。你知道怎么做吗？

（我已经在我的 Mac 上安装了 ImageJ。）

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这应该只是作为向你展示的预告片，这并不像看起来那么难。没有办法，您必须熟悉 Java、ImageJ-API，是的，JLink。

因此，您可以从这里开始：您需要可以从ImageJ 网站ij.jar下载的 ImageJ java 存档。这个 jar 包含 ImageJ 自己使用的所有类和函数。

您要做的是创建图像，而不是通过 ImageJ-GUI 打开它，而是使用 Java 方法。为此，您必须熟悉 ImageJ-API 以了解如何从例如数字数组创建图像，因为这就是我们希望将 Mathematica 图像传输到 Java 的方式。浏览此文档将我带到ImageProcessor 类。如您所见，它们提供了两种方法：setPixelsandgetPixels都接受简单的数组。让我们使用它并编写一个非常基本的过滤器：

import ij.process.FloatProcessor;

public class SimpleTest {

    public static float[] func(float []bm, int nx, int ny) {
        FloatProcessor p = new FloatProcessor(nx,ny);
        p.setPixels(bm);
        float[] kernel = new float[{0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,
                                    0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,0.111f};
        p.convolve(kernel, 3, 3);
        return (float[]) p.getPixels();
    }
}

此函数获取图像数据和图像尺寸，进行卷积并返回过滤后的图像数据。要编译它，请记住它ij.process.FloatProcessor在ij.jar. 您必须将此存档包含在您的类路径中。稍后，您必须确保 JLink 找到.ij.jar和您的SimpleTest.class. 我通常也把我的课程装在一个罐子里。为此我称之为simple.jar。

虽然 java 端现在已经准备就绪，但我们需要几行代码来从 Mathematica 图像中提取图像数据和尺寸

img = ColorConvert[ExampleData[{"TestImage", "Lena"}], "Grayscale"];
{nx, ny} = ImageDimensions[img];
data = ImageData[img] // Flatten;

我们现在要做的是将平面整数数组发送data到我们的 Java 函数，获取结果并构建输出图像。要让 Mathematica 找到您的 jar 档案，一种方法是调用AppendToClassPath：

Needs["JLink`"]
AddToClassPath["/pathTo/ij.jar","pathTo/simple.jar"];

simpleTest = LoadJavaClass["SimpleTest", StaticsVisible -> True];
output = SimpleTest`func[data, nx, ny];
Image[Partition[output, nx]]

通过这最后一步，我们完成了循环并获得最终结果。

最后注意事项：

  • You should maybe (and this means "do it") use the same java-version JLink is using for the compilation of your code.
  • There are already plugins in the ij.jar. This will not include all available stuff. But remember: The ImageJ-GUI just calls methods from ij.jar to use auxiliary plugins, so you can do the same with your code.
  • Some plugins use native (JNI) code which may lead to unexpected errors, when you use this from within Mathematica
于 2012-02-03T06:59:11.350 回答