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我需要使用多个配置文件运行 Bppancestor，我尝试了不同的方法，但都没有奏效。我有大约 150 个文件，所以一个一个地做并不是一个有效的解决方案。

运行 bppancestor 的语法如下：

bppancestor params=config_file

我试着做：

bppancestor params=directory_of_config_files/*

并使用 Snakefile 尝试自动化工作流程：

ARCHIVE_FILE = 'bpp_output.tar.gz'

# a single config file
CONFIG_FILE = 'config_files/{sims}.conf'

# Build the list of input files.
CONF = glob_wildcards(CONFIG_FILE).sims

# pseudo-rule that tries to build everything.
# Just add all the final outputs that you want built.
rule all:
    input: ARCHIVE_FILE

# run bppancestor
rule bpp:
    input:
        CONF,
    shell: 
        'bppancestor params={input}'

# create an archive with all results
rule create_archive:
    input: CONF, 
    output: ARCHIVE_FILE
    shell: 'tar -czvf {output} {input}'

有人可以给我建议吗？

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1 回答 1

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你很亲密。规则bpp应使用特定配置文件作为输入并指定具体输出（不确定输出是文件还是文件夹）。如果我正确理解语法，则此链接建议可以使用output.sites.fileand指定输出文件output.nodes.file：

rule bpp:
    input:
        CONFIG_FILE,
    output:
        sites='sites.{sims}',
        nodes='nodes.{sims}',
    shell: 
        'bppancestor params={input} output.sites.file={output.sites} output.nodes.file={output.nodes}'

Rulecreate_archive将收集所有输出并将它们存档：

rule create_archive:
    input: expand('sites.{sims}', CONF), expand('nodes.{sims}', CONF)
    output: ARCHIVE_FILE
    shell: 'tar -czvf {output} {input}'
于 2022-02-08T11:35:33.917 回答