r - 我可以使用设计矩阵 model.matrix(~0 + group + celltype) 分析来自两种不同细胞类型的 RNAseq 数据吗？

Question

我有两种细胞类型（11C 和 13C）和两组（KO 和 CTRL）。

样本细胞类型组

11C-17 11C KO

11C-84 11C KO

11C-C 11C 控制

13C-17 13C KO

13C-84 13C KO

13C-C 13C 控制

如PCA 图所示，细胞类型是主要差异。但是，我想知道是否可以通过设计矩阵设计 <- model.matrix(~0 + group + celltype) 和对比矩阵 contrast.matrix <- makeContrasts(KOvsCTRL = KO - CTRL, levels= colnames(design)) 来比较两组。