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我正在尝试将 Kruskal Wallis pvalue 添加到我的箱线图中，虽然我已经看到了很多关于该解决方案的帖子，但我无法让它发挥作用。

这是我的数据和运行箱线图的代码：

library(ggplot2)
library(dplyr)
set.seed(1234)
Gene <- floor(runif(25, min=0, max=101))
Age <- floor(runif(25, min=18, max=75))
Group <- c("Group1", "Group1", "Group3", "Group2", "Group1", "Group3", "Group2", "Group2", "Group2", "Group1", "Group1", "Group3", "Group1", "Group2", "Group1", "Group2", "Group3", "Group1", "Group3", "Group3", "Group2", "Group1", "Group3", "Group3","Group2")


df <- data.frame(Gene, Age, Group)

mybreaks <- seq(min(df$Age)-1, to=max(df$Age)+10, by=10)
df$groups_age <- cut(df$Age, breaks = mybreaks, by=10)

bp <- ggplot(df, aes(x=groups_age, y=Gene, group=groups_age)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=groups_age)) + 
  facet_grid(. ~ Group)

bp

图 1

在这篇文章中，我看到了一种方法，但是当我尝试做同样的事情时，我得到了这个错误Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'groups_age' not found并且没有显示情节。

编码：

pv <- df %>%
  group_by(Group) %>%
  summarize(Kruskal_pvalue = kruskal.test(Gene ~ groups_age)$p.value)

bp <- ggplot(df, aes(x=groups_age, y=Gene, group=groups_age)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=groups_age)) + 
  facet_grid(. ~ Group) +
  geom_text(data=pv, aes(x=2, y=75, label=paste0("Kruskal-Wallis\n p=",Kruskal_pvalue)))
bp

请注意，我手动放置了 x 和 y，只是为了放置值。但是，我想更自动地完成它，这取决于基因的价值是否会发生变化。

有谁知道我为什么会收到该错误以及为什么它不起作用？

首先十分感谢

问候

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1 回答 1

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问题是你创造group=groups_age了一种全球美学。groups_age所有层都将继承全局 aes，因此所有层都将查找在提供给层的数据中调用的列。由于 中pv使用的数据geom_text不包含此名称的列，您会收到错误消息。

为了解决您的问题，您可以放弃group=groups_age，因为您的情况不需要它。对于更一般的情况，您必须更具体地制作 alocal或globalaes。此外，每个 geom 都有一个inherits.aes参数（默认为TRUE）来防止全局 aes 被继承：

library(ggplot2)

bp <- ggplot(df, aes(x = groups_age, y = Gene)) +
  geom_boxplot(aes(fill = groups_age)) +
  facet_grid(. ~ Group) +
  geom_text(data = pv, aes(x = 2, y = 75, label = paste0("Kruskal-Wallis\n p=", Kruskal_pvalue)))
bp

由reprex 包于 2021-12-21 创建(v2.0.1)

于 2021-12-21T09:21:28.737 回答