我在 R 中有一个这样的数据框(此处仅发布示例):
DE logFC pval log2fc_color rank
1 Upregulated 3.4958900 264.1088 #00519e 110
2 Upregulated 2.9649858 254.4343 #00519e 222
3 Upregulated 1.5794640 246.1799 #00519e 988
4 Upregulated 1.6678800 235.9541 #00519e 901
5 Upregulated 3.9374453 229.3586 #00519e 62
6 Top10 6.2492052 227.5845 #d51030 4
7 Top10 7.4608894 153.1061 #d51030 1
8 Top10 6.4259618 135.0821 #d51030 3
9 Top10 5.9704932 118.9760 #d51030 7
10 Top10 6.0201382 112.0736 #d51030 6
11 Downregulated -2.6035129 311.1072 #00519e 2624
12 Downregulated -3.8199728 306.3362 #00519e 3023
13 Downregulated -2.8384308 299.8498 #00519e 2749
14 Downregulated -2.9654265 299.6843 #00519e 2804
15 Downregulated -5.4785903 297.3173 #00519e 3135
16 NA -0.8830659 189.6105 #a7a7a7 17041
17 NA 0.9867408 181.4278 #a7a7a7 30
18 NA -0.9681908 170.5315 #a7a7a7 17357
19 NA 0.8636595 166.6765 #a7a7a7 451
20 NA 0.9811910 165.4120 #a7a7a7 44
我正在尝试做一个火山图。我想按不同类别的 DE 着色,并且我还在 log2fc_color 列中定义了颜色。但是,当我尝试使用以下命令进行绘图时,我只会得到黑点。
ggplot(df.t1, aes(x=logFC, y=pval, fill=log2fc_color)) + geom_point()
或者
ggplot(df.t1, aes(x=logFC, y=pval, fill=DE)) + geom_point()