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我正在使用 DEseq2 并试图了解使用不同模型获得的结果。我的数据设计为

    sample genotype time
1   WT_S1       WT   T1
2   WT_S2       WT   T1
3   WT_S3       WT   T1
4   WT_S4       WT   T2
5   WT_S5       WT   T2
6   WT_S6       WT   T2
7   KO_S1       KO   T1
8   KO_S2       KO   T1
9   KO_S3       KO   T1
10  KO_S4       KO   T2
11  KO_S5       KO   T2
12  KO_S6       KO   T2

我有 3 个模型。

模型1：~基因型

模型2：~时间

模型3：~基因型+时间

我使用模型 1 得到 200 个显着基因，从模型 2 中得到另外 198 个显着基因。但是，当我使用 model3 时，我没有任何重要的基因。我想知道使用模型 3 时正在比较哪些样本。

即，当使用 (obj3, name="genotype_KO_vs_WT") 获得结果时，在 model3 中比较了哪些样本？它与model1有什么不同？

另外，使用 results(obj2, name="time_T2_vs_T1") 获取结果时，model3 中正在比较哪些样本？和model2有什么区别？

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