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我正在使用以下代码绘制图形并将其打印到 PDF：

ggplot(agg_data_cl, aes( as.Date(date), avg_entries, color = classification ) ) +
  geom_point()

ggsave(file = "output.pdf")

当我在 TextMate 中执行脚本时，这工作正常。

但是当我通过 RScript 从命令行调用它时，我收到以下错误：

Error in all.vars(as.formula(.$facets)) : 
  could not find function "as.formula"
Calls: print ... <Anonymous> -> <Anonymous> -> <Anonymous> -> all.vars
Execution halted

我在我的 RScrpipt 文件中使用以下标头：

#! /usr/local/bin/Rscript --vanilla --default-packages=utils

任何想法可能是什么问题？

这是我的命令行会话信息：

R version 2.13.1 (2011-07-08)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] C/UTF-8/C/C/C/C

attached base packages:
[1] grid  utils base 

other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.2 reshape_0.8.4 plyr_1.5.2   

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grDevices_2.13.1 graphics_2.13.1  stats_2.13.1

在 textmate sessionInfo() 中给了我更多附加的基础包：

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base

我不知道为什么会这样。

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3 回答 3

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问题是--vanilla调用时的选项Rscript。

这是Rscript --help有关其选项的说明

--save              Do save workspace at the end of the session
--no-environ        Don't read the site and user environment files
--no-site-file      Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file      Don't read the user R profile
--restore           Do restore previously saved objects at startup
--vanilla           Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file
                    --no-init-file and --no-environ

..--vanilla并且基本上意味着Rscript在开始执行 R 命令之前应该忘记所有内容，包括一些已安装的包。

于 2011-07-29T15:42:36.293 回答
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两件事情：

1）确保你有图书馆（ggplot2）_in_your_script_

2) 确保您 print() 或 plot() ggplot 对象。（请参阅 FAQ 7.22）这可能不是这种情况下的问题，因为您正在保存 gg，但这是来自 Rscript 会话的 lattice 或 ggplot 图形的常见问题。

于 2011-07-29T02:40:51.447 回答
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as.formula在统计包中。不知道为什么它没有被加载，但看看是否library(stats)在脚本开头手动包含可以解决问题。

于 2011-07-29T09:52:02.830 回答