snakemake - snakemake - 配置规则以使用本地容器运行（Singularity，Docker）

Question

对于snakemakev5.27+

有没有办法使用指向本地图像的容器指令运行snakemake？例如，如果我将 Docker 容器存储在 Dockerhub 上，并且我在本地也有一个副本，那么在运行 snakemake 时，如果本地已经存在确切的副本，我不希望规则从 DockerHub 中提取奇异图像副本。使跑得更快。

Answer 1

当然，只需将相对或绝对文件路径传递给指令。

Answer 2

即使snakemake 手册没有明确说明，也可以使用该containerized指令使用局部奇点图像。

因此，而不是上面链接中的示例：

containerized: "docker://username/myworkflow:1.0.0"

可以指向奇点sif文件路径（里面包含图片）

containerized: "/path/to/myimage.sif"

确保--use-singularity在运行 snakemake 时使用。

如何构建奇点 (sif) 图像：

您可以按照此处所述的各种方式构建 sif 映像，对于您的问题，您可以从本地 docker 映像构建它。

即您可以列出您的本地图像docker images并选择一个来构建本地 sif 文件，如下所示：

SINGULARITY_NOHTTPS=1 singularity build /path/to/myimage.sif docker-daemon://mydockerimage:latest

请注意，它似乎不能直接从本地 docker 容器中工作，即我希望它能够工作：

containerized: "docker-daemon://scpipe_docker:latest"

...但它不是snakemake 6.10.0版