r - 根据 R 中 x 轴上的相似模式对变量 geom_point 进行排序

Question

我如何对变量进行排序以便绘制它们，例如热图/它们显示相似模式的位置，即：在顶部 A 和 D，然后是 B、C 和底部 E。希望避免将其作为真实数据手动执行是更多的变量。

Variable1 <- c(rep("A",7), rep("B",7),rep("C",7), rep("D",7), rep("E",7))
Variable2 <- c(rep(1:7, 5))
value <- c(15, 16, 11, 12, 13, 11, 12, 4, 3, 6, 5, 4, 3, 2, 3, 3, 2, 3, 3, 4, 3, 18, 17, 15, 2, 3, 4, 5, 2, 3, 4, 5, 6, 10, 18)
dff <- data.frame(Variable1, Variable2, value)

library(dplyr)
dff <- dff %>%group_by(Variable1)%>%
  mutate(scaled_val = scale(value)) %>%
  ungroup()

dff$Variable <- factor(dff$Variable1,levels=rev(unique(dff$Variable1)))

ggplot(dff, aes(x = Variable2, y = Variable1, label=NA)) +
  geom_point(aes(size = scaled_val, colour = value)) +
  geom_point(aes(size = scaled_val, colour = value), shape=21, colour="black") +
  geom_text(hjust = 1, size = 2) +
  theme_bw()+
  scale_color_gradient(low = "lightblue", high = "darkblue")+
  scale_x_discrete(expand=c(1,0))+
  coord_fixed(ratio=4)

并希望：

如果您查看具有相似性的聚集行的热图，例如：https ://3.bp.blogspot.com/-AI2dxe95VHk/TgTJtEkoBgI/AAAAAAAAC5w/XCyBw3qViGA/s400/heatmap_cluster2.png您会在顶部看到该行其模式是第一个 x 轴时间点，然后是最后一个 x 轴时间点的更高的时间点。

要做的事情：所以我想知道是否使用缩放值，我们可以这样做，顶部是变量2（1：2）中平均值较高的值，然后是变量2（3：5）和变量2（6：7）平均值较高的值。如果我在这里不清楚并且可以更好地解释，请告诉我。

Answer 1

听起来你想根据他们的平均值安排组 AE。您可以通过转换Variable1为具有自定义级别的因子来做到这一点：

lvls <- names(sort(by(dff$value, dff$Variable1, mean)))
dff$Variable1 <- factor(dff$Variable1, levels = lvls)

这是一个按以下方式对组进行排序的解决方案which.max：

peaks <- c(by(dff$value, dff$Variable1, which.max))
lvls <- names(sort(peaks))
dff$Variable1 <- factor(dff$Variable1, levels = lvls)