r - 从 pheatmap 中的 cutree_rows 组中提取基因/观察值

Question

您如何从cutree_rows = 3in生成的行组中提取基因/观察值pheatmap？会是obj$tree_row$...？

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

obj$kmeans$cluster我已经看到，如果您通过运行这样的方式应用 k 均值，您可以找到基因列表，有没有办法在热图中保留聚类但减少观察次数？

Answer 1

您可以再次对其进行cutree，例如数据是这样的：

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

做可爱：

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

我们再次绘制它以查看它是否正确，

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)