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我目前在使用 Snakemake 的 conda 环境中使用 TinyTeX 时遇到问题。tinytex::install_tinytex()在运行管道之前，我必须使用命令安装 TinyTeX 安装文件。这会将 TinyTeX 安装在创建的环境之外（这不是什么大问题……但也不是首选）。主要问题是每次我执行我的 Snakemake 管道时，它都会尝试重新安装我不想要的这个安装。谁能告诉我检查它是否已经安装的最简单方法是什么？我应该使用Rscript -e \"tinytex:::is_tinytex()\"带有 if 语句的命令吗？Rscript -e通过调用Snakemake来编写 if 语句的最佳方法是什么？或者我应该在第一次运行时写一个布尔文本文件，指定之前是否安装过 TinyTeX？

TinyTeX conda 依赖项在没有额外安装的情况下无法自行工作，这有点糟糕......

Snakemake 规则（忽略输入/输出）：

rule assembly_report_rmarkdown:
    input:
        rules.assembly_graph2image_bandage.output,
        rules.assembly_assessment_quast.output,
        rules.coverage_calculator_shortreads.output,
        rules.coverage_calculator_longreads.output
    output:
        config["outdir"] + "Hybrid_assembly_report.pdf"
    conda:
        "envs/r-rmarkdown.yaml"
    shell:
        """
        cp report/RMarkdown/Hybrid_assembly_report.Rmd {config[outdir]}Hybrid_assembly_report.Rmd
        Rscript -e \"tinytex::install_tinytex()\"
        Rscript -e \"rmarkdown::render('{config[outdir]}Hybrid_assembly_report.Rmd')\"
        rm -f {config[outdir]}Hybrid_assembly_report.Rmd {config[outdir]}Hybrid_assembly_report.tex
        """

康达 YAML：

name: r-rmarkdown
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - r-base=4.0.3
  - r-rmarkdown=2.5
  - r-tinytex=0.27

提前致谢。

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我想我已经解决了这个问题。我没有调用Rscript -e，而是将以下 if 语句放在 R Markdown 的设置块中（如果我是正确的，它将在运行任何其他代码之前运行）。然后我继续卸载 TinyTeX，看看它是否会只安装一次。

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
if (!tinytex:::is_tinytex()){
   tinytex::install_tinytex()
}
于 2020-12-09T10:45:27.490 回答