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我想在不同的机器集（所有具有 Open Mpi 1.5 的 linux 机器）上运行带有 mpirun 的程序。

现在我有可以登录username A的机器，还有另一组使用username B. 所有机器都可以通过 ssh 访问，但我不知道如何实现这一点。

我的主机文件将是这样的：

localhost          #username local

machine_set_A_1    #username A
machine_set_A_2    #username A
...

machine_set_B_1    #username B
machine_set_B_2    #username B
...

有没有可能做到这一点。谢谢你。

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OpenSSH 客户端支持按主机配置，类似于以下内容：

Host machine_set_A_1 machine_set_A_2 ...
User username_A

Host machine_set_B_1 machine_set_B_2 ...
User username_B

该Host指令将以下所有声明（直到下一个Host指令）限制为仅适用于与主机名建立的连接，这些连接与指令后给出的任何模式相匹配。

SSH 客户端配置文件通常在/etc/ssh/ssh_config（系统范围的配置）和~/.ssh/config（用户特定的配置；那里的指令覆盖系统配置中的指令）中找到。

的手册页ssh_config(5)包含有关可用关键字的更多信息以及有关支持哪些模式的更多信息（使用类似Host *.groupA.uni.edu，如果适用，可以节省一些输入）。

于 2012-11-16T14:21:23.753 回答
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我能想到的唯一方法是为您的进程启动器创建一个包装器，为某些人执行 ssh user1@hostname，为其他人执行 user2@hostname。您可以通过设置进程启动器 ssh 代理

mpirun -mca orte_rsh_agent "/path/to/mysshwrapper" -machinefile machines.txt -np 4 ./subarray

然后您必须将适当的用户名参数注入到您的包装器对 ssh 的调用中。

当然，您还必须设置 ssh 密钥，以便您登录到其他用户名帐户时无需密码。

于 2011-06-30T14:42:13.230 回答
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试图为我自己的问题找到解决方案我刚刚找到了类似的东西（在http://wiki.mpich.org/mpich/index.php/Using_the_Hydra_Process_Manager上）。它可能对你有帮助，但这是给 MPICH 的。

在具有不同用户名的机器上使用 Hydra

Hydra 仅支持在某些启动器（如 ssh 和 rsh）上使用不同的用户名。为此，主机文件应包含“user=”条目。

一个例子

shell$ cat hosts

       donner  user=foo
       foo     user=bar
       shakey  user=bar

编辑

对于 OpenMPI，请参考：http ://www.open-mpi.org/faq/?category=rsh#rhosts-file

于 2012-11-16T13:46:39.477 回答
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通常，您只需在要运行 mpi 作业的每台机器上安装 mpi。然后在您的 mipexec 调用中，您将指定用于标识具有 mpi 的主机/机器的机器文件。mpi smpd/daemon 将为您在每台主机上启动作业。

例子：

 mpiexec -f machinefile -n 32 a.out

机器文件如下所示：

 host1.some.place:16
 host2.some.place:16

这意味着两台主机各有 16 个核心。

参考：

mpich2 文档

于 2011-06-29T11:19:40.417 回答