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我有一个缩写形式的数据集，如下所示：

library(tidyverse)    
dat_s<-tibble(
      type=c(rep("A", 9), rep("B", 8), rep("C", 10)),
      ref=c("ref3", "ref3", "ref1",  "ref2", "ref2", "ref1", "ref2", "ref2", "ref2", "ref2", 
            "ref1", "ref2", "ref2", "ref3", "ref2", "ref3", "ref1", "ref3", 
            "ref2", "ref3", "ref1", "ref1", "ref3", "ref1", "ref1", "ref2", "ref2"),
      info=as.character(sample(100, 27)),
      liv=c(3.0e-05, 2.9e-07, 2.2e-07, 2.7e-07, 2.6e-06, 4.8e-07, 1.4e-05, 2.6e-06, 7.7e-06, 2.2e-06, 
            1.5e-07, 1.6e-07, 1.8e-06, 6.1e-08, 4.9e-06, 4.9e-06, 1.8e-06, 1.5e-07,
            4.3e-08, 1.8e-06, 1.0e-07, 1.6e-07, 9.7e-07, 1.0e-06, 6.4e-07, 1.2e-07, 5.7e-06),
      prod=c(0.00, 2, 3, 4.80, 2.10, 5.10, 0.00, 0.13, 2.00, 0.13, 0.00, 4.10, 4.60, 2.10, 0.26, 0.00, 
             4.60, 0.00, 4.60, 2.10, 4.80, 0.00, 0.00, 1.80, 3.60, 4.10, 0.00)
    )%>%
  mutate(livp1=liv+1)

我想计算 和 的每个组合的剂量反应关系type，ref做出预测以绘制曲线，并计算残差。该info列是为了反映我在此数据框中还有其他列需要保留，但在剂量反应分析中并不重要。

我首先使用函数和嵌套数据框创建模型：

dr_s<-function(df){drc::drm(data=df, prod~log(livp1), fct=drc::LL.3())}

dat_mods<-
  dat_s%>%
  group_by(type, ref)%>%
  nest() %>%
  mutate(dr_mod=map(data, dr_s))

它可以创建模型并将它们放入数据框中。要add_predictions与 类型的模型一起使用drm，输入必须是 a data.frame（而不是 a tibble）。当我尝试为每个livp1变量添加预测时（根据下面的评论）：

dat_mods%>%

变异（mod_preds=map2（数据，dr_mod，~add_predictions（数据=as.data.frame（.x），模型=.y））））

我收到一条non-numeric argument to binary operator错误消息。info当列不是character类时，此代码可以正常工作。但是，我需要将这些信息与预测数据一起保留，并希望尽可能避免将其从数据框中提取出来。

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这个很傻，predict类模型的方法drm不适用于类对象tibble。所以你必须转换.x为data.frame.

dat_s%>%
  group_by(type, ref)%>%
  nest() %>%
  mutate(dr_mod=map(data, dr_s),
         mod_preds=map2(data, dr_mod, 
                        ~modelr::add_predictions(data = as.data.frame(.x[,"livp1"]),
                                                 model = .y)))
## A tibble: 9 x 5
## Groups:   type, ref [9]
#  type  ref   data             dr_mod mod_preds       
#  <chr> <chr> <list>           <list> <list>          
#1 A     ref3  <tibble [2 × 4]> <drc>  <df[,2] [2 × 2]>
#2 A     ref1  <tibble [2 × 4]> <drc>  <df[,2] [2 × 2]>
#3 A     ref2  <tibble [5 × 4]> <drc>  <df[,2] [5 × 2]>
#4 B     ref2  <tibble [4 × 4]> <drc>  <df[,2] [4 × 2]>
#5 B     ref1  <tibble [2 × 4]> <drc>  <df[,2] [2 × 2]>
#6 B     ref3  <tibble [2 × 4]> <drc>  <df[,2] [2 × 2]>
#7 C     ref3  <tibble [3 × 4]> <drc>  <df[,2] [3 × 2]>
#8 C     ref2  <tibble [3 × 4]> <drc>  <df[,2] [3 × 2]>
#9 C     ref1  <tibble [4 × 4]> <drc>  <df[,2] [4 × 2]>
于 2020-06-05T20:07:30.740 回答