0

我在我自己编写的生物信息学管道中使用 Python 中的 ete3( http://etetoolkit.org/ ) 包。

运行此脚本时，我收到以下错误。我已经将此脚本用于其他没有任何问题且没有给出任何错误的数据集。我正在使用 Python3.5 和 miniconda。任何解决此错误的修复/见解将不胜感激。

[错误]

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/bin/ete3", line 11, in <module>
    load_entry_point('ete3==3.1.1', 'console_scripts', 'ete3')()
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/tools/ete.py", line 95, in main
    _main(sys.argv)
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/tools/ete.py", line 268, in _main
    args.func(args)
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/tools/ete_ncbiquery.py", line 168, in run
    collapse_subspecies=args.collapse_subspecies)
  File "/Users/d/miniconda2/envs/py35/lib/python3.5/site-packages/ete3/ncbi_taxonomy/ncbiquery.py", line 434, in get_topology
    lineage = id2lineage[sp]
KeyError: 3
4

1 回答 1

0

继续评论部分以获得更好的格式。

假设sp包含3错误消息所建议的内容（请自己检查）。您可以按照定义检查 ete3 代码（当前版本），您可以将其跟踪到line：

    def get_lineage_translator(self, taxids):
        """Given a valid taxid number, return its corresponding lineage track as a
        hierarchically sorted list of parent taxids.

所以我去了https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi 并检查是否3有效taxid，但似乎不是。

# relevant section from ncbi taxonomy browser
No result found in the Taxonomy database for taxonomy id
3

在我看来，您唯一的选择是跟踪如何3计算。因为根本原因只是功能taxid 3不valid taxid number符合要求。

于 2020-05-14T09:57:22.827 回答