r - 如何在 R 中的 PAM 中获取主成分数据

Question

我使用 mtcars 数据使用autoplot函数创建了一个图形并得到这样的图形

这是我的代码：

library(cluster)
library(NbClust)
library(ggplot2)
library(ggfortify)
x <- mtcars
number.cluster <- NbClust(x, distance = "euclidean", min.nc = 1, max.nc = 5, method = "complete", index = "ch")
best.cluster <- as.numeric(number.cluster$Best.nc[1])
x.pam <- pam(x, best.cluster)
autoplot(x.pam, data = x, frame = T) + ggtitle("PAM MTCARS")

我的问题是如何根据此图获取 PC1 和 PC2 数据坐标？谢谢你

Answer 1

您可以使用layer_data()来获取用于 ggplot 对象的数据：

p <- autoplot(x.pam, data = x, frame = T) + ggtitle("PAM MTCARS")
layer_data(p, 1L) # coordinates of all points
layer_data(p, 2L) # coordinates of points that contribute to polygons

Answer 2

你的整个过程是有缺陷的。首先，您使用完整的链接来估计集群的数量；但不是使用发现的“最佳”聚类，而是使用 PAM 再次聚类。您使用欧几里得距离，但在欧几里得空间中，k-means 通常比 PAM 工作得更好——当您没有欧几里得几何并且不能使用 k-means 时，PAM 会发光。

然后你想使用这个严重失真的 PCA 图（几乎整个方差都在第一个分量中，y 轴显示了非常多的随机偏差）。如果您想要这些坐标，只需使用 PCA，而不是从图中重建它。